Dolantin 发表于 2024-11-13 09:13
我的体系分子属于刚性分子，我准备直接用ESP的CHELPG电荷或MK电荷，请教下sob老师，这两种是任选一个计算就 ...

是
无所谓。旋转不变性取决于格点密度。格点密度越大旋转不变性、空间等价的原子电荷的等价性越好

我的体系分子属于刚性分子，我准备直接用ESP的CHELPG电荷或MK电荷，请教下sob老师，这两种是任选一个计算就行吗？我看了帖子说CHELPG电荷和MK电荷在旋转不变性角度上有区别，我不确定这点对自己体系影响大不大。

linhao 发表于 2024-6-25 10:00
sober老师好，我在得到.chg文件后，想要得到mol2文件。请问老师有方法直接转换吗？Multiwfn好像不可以

没法直接转换
可以Multiwfn载入chg文件，主功能100的子功能2保存成pdb或gjf，然后gview打开再保存成mol2

sober老师好，我在得到.chg文件后，想要得到mol2文件。请问老师有方法直接转换吗？Multiwfn好像不可以

一条君 发表于 2024-3-24 17:19
老师，请问文章里，聚合物、小分子共存，（1）聚合物电荷用一步法求出（施加等价、电荷约束等），小分子用 ...

可以

老师，请问文章里，聚合物、小分子共存，（1）聚合物电荷用一步法求出（施加等价、电荷约束等），小分子用标准resp法求出可以吗？还是聚合物和小分子都用一步法更合适呢（小分子一步法施加等价、电荷约束）？谢谢

函数与激情 发表于 2023-12-22 09:49
谢谢Sob老师的文章。针对 “附2：蛋白质配体的RESP电荷该用什么构象计算？”想请教下，我想计算一个液滴表 ...

我不知道转fchk怎么失败

谢谢Sob老师的文章。针对 “附2：蛋白质配体的RESP电荷该用什么构象计算？”想请教下，我想计算一个液滴表面一些水分子的静电势，使用的是QM/MM方法，QM区接口高斯软件。如果直接把这些水分子抠出来做单点可能会忽略其余水分子的极化效应以及液滴表面曲率的影响。我尝试将MM区作为背景电荷做单点，在转fchk时失败，请问这种情况有解决的办法吗？

鉴于经常有人问，给本文文末增加了 “附2：蛋白质配体的RESP电荷该用什么构象计算？”

一条君 发表于 2022-4-5 22:51
请问老师，除了ADCH，RESP电荷，还有哪些可以定性正确的描述氢键作用呢
（2）但是很多力场都没有氢键项， ...

1 基于对静电势重现性好的原子电荷计算库仑作用，都能基本合理地描述普通的氢键

2 基于以上特征的原子电荷描述氢键本来就应该没有专门的氢键项，否则double-counting了
OPLS-AA没有直接明确定义计算原子电荷的方法。结合1.2*CM5电荷比较适合，此时基于OPLS-AA力场形式对普通氢键能有基本合理的描述。

3 我不知道你想怎么统计。通常对经典力场的动力学统计氢键存在性是基于氢键键长和键角的几何关系判断的，和原子电荷没有直接关系

请问老师，除了ADCH，RESP电荷，还有哪些可以定性正确的描述氢键作用呢
（2）但是很多力场都没有氢键项，当上俩电荷不兼容时还正确吗，比如OPLS对应的电荷。
（3）RESP电荷描述氢键可以拿到文章中去讨论吗，比如统计氢键数，谢谢老师

archer 发表于 2022-2-26 12:59
请教sob老师，Multiwfn计算RESP，C原子的vdW半径定义为1.50 Angstrom, 我查了一下，一般这个值都大于1.7

拟合点是要分布在范德华表面附近，并不是说必须在范德华表面外。
碳用1.5埃半径是最早的拟合静电势电荷方法The Journal of Physical Chemistry, 82, 592 (1978)里用的。

请教sob老师，Multiwfn计算RESP，C原子的vdW半径定义为1.50 Angstrom, 我查了一下，一般这个值都大于1.7

我是做小分子药物方向的，因为没买高斯，最近考虑Multiwfn解决小分子原子电荷问题。