终_焉 发表于 2022-10-24 15:34
老师，因为取代基离得太近了，末端加氢后取代基会与封端的氢产生非键作用。除EDA-FF以外，有其他合适的分 ...

EDA-FF定义片段时可以不把末端的氢包含进去
另外，GAFF力场里氢的范德华参数为0，不会对范德华作用有贡献

sobereva 发表于 2022-10-21 18:24
可以用EDA-FF
如果取代基就是普通的有机基团，可以用H封闭末端

老师，因为取代基离得太近了，末端加氢后取代基会与封端的氢产生非键作用。除EDA-FF以外，有其他合适的分析方法吗？

终_焉 发表于 2022-10-21 14:44
老师，如果要对结构中不同片段间的非键作用（如下图：两个取代基之间，取代基与氢）进行能量分解，通过EDA- ...

可以用EDA-FF
如果取代基就是普通的有机基团，可以用H封闭末端

老师，如果要对结构中不同片段间的非键作用（如下图：两个取代基之间，取代基与氢）进行能量分解，通过EDA-FF有办法处理吗？如果可以，取代基的末端是通过加氢封闭吗？如果EDA-FF不能处理，有其他可行的方法吗？

sobereva 发表于 2022-5-9 21:41
正说明当前结构下两个片段是彼此排斥的，负说明是吸引的

嗯嗯 谢谢老师

天天121 发表于 2022-5-8 19:27
老师请问正的和负的Total值有什么物理意义上的差别吗

正说明当前结构下两个片段是彼此排斥的，负说明是吸引的

sobereva 发表于 2020-11-30 10:07
可以，但是由于AMBER/GAFF力场没有Au的参数，对Au需要用UFF（分子类型文件里对Au的原子类型写UF），实际 ...

老师请问正的和负的Total值有什么物理意义上的差别吗

xxzj 发表于 2021-8-6 11:14
老师，想基于amber力场进行能量分解分析，但是分子有接近200个原子，使用SAPT没有成功，同时由于存在se原子 ...

还可以用GKS-EDA在DFT水平下做能量分解，<200个原子是算的动单点的，因此也算的动GKS-EDA

笔者近期发表了Mat. Sci. Eng. B-Adv., 273, 115425 (2021) DOI: 10.1016/j.mseb.2021.115425，其中笔者对EDA-FF能量分解方法做了简要的介绍，并将之用于研究18碳环与石墨烯的相互作用，可以视为EDA-FF的原文。如果你将本贴介绍的EDA-FF方法应用于你的研究中，请引用这篇文章。

wzkchem5 发表于 2021-8-6 15:04
你楼上已经说了，用UFF力场的Se的参数就行了，其他仍然用Amber的参数

知道了，谢谢老师

xxzj 发表于 2021-8-6 04:14
老师，想基于amber力场进行能量分解分析，但是分子有接近200个原子，使用SAPT没有成功，同时由于存在se原子 ...

你楼上已经说了，用UFF力场的Se的参数就行了，其他仍然用Amber的参数

老师，想基于amber力场进行能量分解分析，但是分子有接近200个原子，使用SAPT没有成功，同时由于存在se原子，该力场中没有se的原子类型，导致无法分析，能不能这时把se用其它原子比如碳原子替代进行分析，如果不能，还想做能量分析分析，还有什么方法吗，谢谢老师

xxzj 发表于 2021-5-3 16:07
老师，想对镍卟啉二聚体进行能量分解分析，但是没有找到镍的Amber type，想请问一下老师，应该如何写？

原子类型写UF，用UFF的参数。博文里说了这点

老师，想对镍卟啉二聚体进行能量分解分析，但是没有找到镍的Amber type，想请问一下老师，应该如何写？