lijiayisjtu 发表于 2018-12-21 11:56 显示的就应该是sign(λ2)ρ（a.u），这里有明确的演示 用Multiwfn+gnuplot绘制有着色效果的RDG散点图 https://www.bilibili.com/video/av36375188/ 倘若没显示出来符号，是系统里字体之类的问题 |
sobereva 发表于 2018-10-3 23:26 Sob老师 为什么用你培训班上的方法，用gnuplot生成的RDGmap.ps 绘制RDG填色图 横坐标不是sign(λ2ρ（a.u）而是sign(l2) r (a.u) ？ |
sobereva 发表于 2018-10-4 23:37 嗯嗯，谢谢老师！现在清楚啦~感谢！ |
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这两种单体结构都不同，HOMO肯定有差别 是通过轨道来看交叠，在实际二聚体朝向下显示两个单体的HOMO，这样轨道位置和结构直接绑定，便于结构位置和朝向对轨道重叠的影响 我说的分子结构就是指单体的几何结构，毕竟二者几何结构有差异、元素有差异、原子电荷/范德华表面形状/范德华表面静电势分布等都有差异，总会影响两个单体的相对排列 |
sobereva 发表于 2018-10-4 17:43 嗯，谢谢老师！明白了一点，我比较过两个单体的HOMO，显示的看不出差别，那我应该把等值面设置到能看出差别为止，这样合理吗？ 另外有几个问题， 1. “把两个单体的轨道同时在VMD里显示出来”，是想通过轨道分布来看交叠么？这里我是显示并五苯和ADTAnt各个体系中单分子的轨道，然后是需要将他们排列成研究体系的特定相对位置去比较吗？还是计算这种特定排列的双分子体系的HOMO轨道直接看重叠比较好？ 2. 您说的“相对位置又直接源自分子结构和分子间相互作用的差异”，这句话中的分子结构是您下面一句提到的“体系结构规整程度”吗？ 另外分子间的相互作用的差异，这里我应该从哪里着手去计算比较呢，之前算了弱相互作用相关，也没能得到什么具体的差异。还麻烦老师指点一下~ 万分感谢！ |
万卷书万里路 发表于 2018-10-4 10:04 重叠程度直接取决于相对位置，而相对位置又直接源自分子结构和分子间相互作用的差异 你的轨道重叠等值面图的isovalue最好设小点，看着更清楚。也建议把两个单体的轨道同时在VMD里显示出来，考察交叠程度与相对位置关系更容易 五并苯那个体系结构规整程度明显高于ADTAnt，因此堆叠时候排列更容易整齐和紧密，轨道重叠程度高也不足为奇 |
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要想上升到对堆积作用的定量层面上的讨论，强烈建议你用Multiwfn做基于力场的能量分解分析，看 使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 http://sobereva.com/442 电荷传输能力差别的关键在于电荷转移积分的差别，这和分子间轨道重叠程度有很大关系，适合用此文方法进行讨论 分子间轨道重叠的图形显示和计算 http://sobereva.com/163 |
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本帖最后由 liyuanhe211 于 2018-10-3 23:03 编辑 下面的分子在位阻区域有两spike无非是一个对应苯环中心，一个对应噻吩的中心。这种位阻非常强、也没有什么化学反应直接往环中间戳，所以这种RDG中、小环中间出现的位阻项往往对分析实际化学问题没什么用，不必关注。 另外这两种体系的堆积依靠色散是显而易见的，他们的强度也可以猜到是差不多的，对这种相互作用明确、强度接近的体系，用RDG做（半）定量分析其实不那么容易。有对RDG区域的积分，但我个人感觉（有可能我的看法错误）既没有明确意义、实际应用起来也有时不太符合化学直观。 我感觉分析这两个体系的强弱还是从结合能以及能量分解的角度更好。另外也可以比比LOLIPOP、范德华表面穿透、密度差图之类的，看有没有比较明显的对比。 |
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