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使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频）

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sobereva

发布时间: 2018-10-13 04:40

正文摘要:

注：本文有对应的演示视频，必看！见https://www.bilibili.com/video/av33733749/ 凡是按照本文的详细说明还绘制不出来的人，一定要精确严格重复视频里的操作！应先把视频里的示例体系重复一遍，连这个例子都重复不 ...

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zmx. 发表于 Post on 2025-7-28 23:51:12

zmx. 发表于 2025-7-28 21:57
老师您好，之前提问过的问题：Tachyon渲染之后图片的像素比较低，运行VMDrender_full.bat或者VMDrender_n ...

目前我是将VMDrender_full.bat里的内容修改了一下，已经得到了相对清晰的图片，麻烦老师了

zmx. 发表于 Post on 2025-7-28 21:57:49

本帖最后由 zmx. 于 2025-7-28 22:01 编辑

zmx. 发表于 2025-7-26 21:19
好的，我试一下，谢谢sob老师

老师您好，之前提问过的问题：Tachyon渲染之后图片的像素比较低，运行VMDrender_full.bat或者VMDrender_noshadow之后得到的图片像素提高了，但亮度太高导致曝光。您之前回答我说可以调整渲染选项，但是我尝试了一下没有找到调哪个地方，新手求老师详细指教

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zmx. 发表于 Post on 2025-7-26 21:19:16

sobereva 发表于 2025-7-26 12:25
调整渲染选项

好的，我试一下，谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2025-7-26 12:25:19

zmx. 发表于 2025-7-25 22:25
渲染之后图片的像素比较低，运行VMDrender_full.bat之后得到的图片像素提高了，但亮度太高，使结构无法清楚 ...

调整渲染选项

zmx. 发表于 Post on 2025-7-25 22:25:07

渲染之后图片的像素比较低，运行VMDrender_full.bat之后得到的图片像素提高了，但亮度太高，使结构无法清楚展示，请问老师这个要怎么解决

sobereva 发表于 Post on 2025-7-18 06:25:04

xu123123 发表于 2025-7-17 10:33
请问老师，我画静电势的图
对于同一个结构，我双击脚本文件ESP.bat ESP.pt，然后算出来的文件density1.cub ...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

文中明确说了，脚本修改了默认的格点间距

认真把下文看了了解脚本运行原理，自然就全都清楚了
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

xu123123 发表于 Post on 2025-7-17 10:33:16

本帖最后由 xu123123 于 2025-7-17 10:52 编辑

请问老师，我画静电势的图
对于同一个结构，我双击脚本文件ESP.bat ESP.pt，然后算出来的文件density1.cub、ESP1.cub、surfanalysis.txt
和手动输入Main function menu的12 Quantitative analysis of molecular surface 然后输入0 算出的结果是一样的吗？二者的单位都是一样的吗？

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sobereva 发表于 Post on 2025-6-25 20:06:51

Roseanne 发表于 2025-6-24 09:40
老师，按照您的方法画出了静电势，用的是1.9.1版本，画出来颜色过渡很不自然应该怎么调呢，已经根据极值点 ...

先确保能重复出帖子里的例子，确保操作无误。并且用VMD 1.9.3，如果也这样，去掉ESPiso.batl里的-ESPrhoiso 0.001再试。如果还是这样，说明跟体系特征有关（范德华表面和静电势等值面的形状过于接近），只能减小格点间距来改善效果，但会显著增加耗时

Roseanne 发表于 Post on 2025-6-24 09:40:20

老师，按照您的方法画出了静电势，用的是1.9.1版本，画出来颜色过渡很不自然应该怎么调呢，已经根据极值点把颜色范围改了

202506240938138114..png (61.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 112)

sobereva 发表于 Post on 2025-4-25 23:27:27

鉴于老有人问，给本文加了段文字

很多次有人问怎么他用VMD渲染脚本（大概率是用的Multiwfn目录下的examples\scripts\VMDrender_full.bat）渲染出的分子表面静电势着色图太亮，白晃晃的。这是因为bat里渲染器选项用了-trans_raster3d，改成-trans_vmd就解决了，效果和Tachyon(internal)完全一样。

sobereva 发表于 Post on 2024-12-11 23:21:02

xishaofan 发表于 2024-12-11 14:22
sob老师，，我已经得到fchk文件，要改为fch，可以直接 mv a.fchk a.fch 吗?

可以

xishaofan 发表于 Post on 2024-12-11 14:22:04

sobereva 发表于 2018-10-16 01:20
没改名成1.fch

sob老师，

formchk工具来把chk转换为fchk（fchk和fch是一码事，不同平台下默认的后缀名不同而已，Multiwfn都能识别）

，我已经得到fchk文件，要改为fch，可以直接 mv a.fchk a.fch 吗?

sobereva 发表于 Post on 2024-10-25 23:28:30

XYZchemistry 发表于 2024-10-25 15:50
老师您好，我在绘制静电势着色的分子间范德华表面穿透图时，使用的是您压缩包中的1.fch和2.fch，我跑完了ES ...

仔细看帖子末尾的红字

XYZchemistry 发表于 Post on 2024-10-25 15:50:38

本帖最后由 XYZchemistry 于 2024-10-25 15:55 编辑

老师您好，我在绘制静电势着色的分子间范德华表面穿透图时，使用的是您压缩包中的1.fch和2.fch，我跑完了ESP pt.bat，最后在VMD中输入pt2，提示cant read file，是怎么回事啊

屏幕截图 2024-10-25 155449.png (62.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 124)

sobereva 发表于 Post on 2024-10-5 03:19:07

Wright 发表于 2024-10-4 15:40
sob老师，双击espiso.bat, 只生成density.cub，不生成ESP.cub是怎么回事儿？

把帖子末尾的红字部分仔细看了，该说的都说了

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