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使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频）

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sobereva

发布时间: 2018-10-13 04:40

正文摘要:

注1：本文有对应的演示视频，必看！见https://www.bilibili.com/video/av33733749/ 凡是按照本文的详细说明还绘制不出来的人，一定要精确严格重复视频里的操作！应先把视频里的示例体系重复一遍，连这个例子都重复 ...

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sobereva 发表于 Post on 2026-5-27 08:55:45

一条君发表于 2026-5-26 17:46
老师，请问等值面为0.002时，对脚本的修改是不是这样的，谢谢~
对于ESPiso_eV.bat：Multiwfn 1.fch -ESP ...

是

一条君 发表于 Post on 2026-5-26 17:46:50

sobereva 发表于 2019-3-28 02:57
建议如此

老师，请问等值面为0.002时，对脚本的修改是不是这样的，谢谢~
对于ESPiso_eV.bat：Multiwfn 1.fch -ESPrhoiso 0.002 < ESPiso_eV.txt
对于ESPiso.vmd：mol modstyle 1 $id Isosurface 0.002000 0 0 0 1 1

Diotima 发表于 Post on 2025-12-18 11:04:37

现有的这个脚本我在VMD2里面画出来总是不对，所以改了一版ESPpt.vmd。如果有人画出来也很奇怪可以试试这个模板。参考了196号社长的博文。不过color bar似乎不可以用tcl语句添加。我看vmd有一个脚本但是那个不是原生color bar。有会添加的大佬可以试试加上去。

ESPpt.vmd (780 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva 发表于 Post on 2025-9-27 01:16:54

121089576 发表于 2025-9-26 16:58
请问sob社长，关于计算静电势穿透程度有个疑问，如果是比较直勾勾的穿透图（比如您196博文里的2个水分子静 ...

直接用Multiwfn算整体和各个片段的体积求差便知

谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

121089576 发表于 Post on 2025-9-26 16:58:40

请问sob社长，关于计算静电势穿透程度有个疑问，如果是比较直勾勾的穿透图（比如您196博文里的2个水分子静电势穿透），那么可以以穿透距离进行衡量。但如果是两个复杂片段，两个片段多处都有不均匀穿透，那么再以穿透距离来衡量或许就不太合适了，以穿透面积或者穿透体积更合适，那么这个有办法可以计算吗？@sobereva

xu123123 发表于 Post on 2025-9-11 09:50:49

好的谢谢老师

xu123123 发表于 Post on 2025-9-10 14:34:54

sobereva 发表于 2025-9-9 14:53
说清楚想怎么定量分析

就是分别找出蓝色和红色的表面积的大小

因为只能看见总的表面积的大小是多少

xu123123 发表于 Post on 2025-9-10 14:32:58

老师刻度的单位是a.u.

屏幕截图 2025-09-10 142848.png (93.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 203)

sobereva 发表于 Post on 2025-9-9 14:53:50

xu123123 发表于 2025-9-9 12:54
老师，在静电势的图中，是不是红蓝的颜色越深说明体系越亲水？
颜色越白越接近中性，说明越疏水吗？

不说色彩刻度定义的前提下，问这个没意义

sobereva 发表于 Post on 2025-9-9 14:53:24

xu123123 发表于 2025-9-9 12:52
老师，请问在画静电势的图中，红色区域的面积能定量分析吗？

说清楚想怎么定量分析

xu123123 发表于 Post on 2025-9-9 12:54:30

老师，在静电势的图中，是不是红蓝的颜色越深说明体系越亲水？
颜色越白越接近中性，说明越疏水吗？

xu123123 发表于 Post on 2025-9-9 12:52:38

老师，请问在画静电势的图中，红色区域的面积能定量分析吗？

zmx. 发表于 Post on 2025-7-28 23:51:12

zmx. 发表于 2025-7-28 21:57
老师您好，之前提问过的问题：Tachyon渲染之后图片的像素比较低，运行VMDrender_full.bat或者VMDrender_n ...

目前我是将VMDrender_full.bat里的内容修改了一下，已经得到了相对清晰的图片，麻烦老师了

zmx. 发表于 Post on 2025-7-28 21:57:49

本帖最后由 zmx. 于 2025-7-28 22:01 编辑

zmx. 发表于 2025-7-26 21:19
好的，我试一下，谢谢sob老师

老师您好，之前提问过的问题：Tachyon渲染之后图片的像素比较低，运行VMDrender_full.bat或者VMDrender_noshadow之后得到的图片像素提高了，但亮度太高导致曝光。您之前回答我说可以调整渲染选项，但是我尝试了一下没有找到调哪个地方，新手求老师详细指教

1.png (78.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 196)

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