现有的这个脚本我在VMD2里面画出来总是不对，所以改了一版ESPpt.vmd。如果有人画出来也很奇怪可以试试这个模板。参考了196号社长的博文。不过color bar似乎不可以用tcl语句添加。我看vmd有一个脚本但是那个不是原生color bar。有会添加的大佬可以试试加上去。 ESPpt.vmd (780 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

2025-12-18 11:03 上传 Uploaded

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121089576 发表于 2025-9-26 16:58
请问sob社长，关于计算静电势穿透程度有个疑问，如果是比较直勾勾的穿透图（比如您196博文里的2个水分子静 ...

直接用Multiwfn算整体和各个片段的体积求差便知

谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

请问sob社长，关于计算静电势穿透程度有个疑问，如果是比较直勾勾的穿透图（比如您196博文里的2个水分子静电势穿透），那么可以以穿透距离进行衡量。但如果是两个复杂片段，两个片段多处都有不均匀穿透，那么再以穿透距离来衡量或许就不太合适了，以穿透面积或者穿透体积更合适，那么这个有办法可以计算吗？@sobereva

好的谢谢老师

sobereva 发表于 2025-9-9 14:53
说清楚想怎么定量分析

就是分别找出蓝色和红色的表面积的大小

因为只能看见总的表面积的大小是多少

老师刻度的单位是a.u.

xu123123 发表于 2025-9-9 12:54
老师，在静电势的图中，是不是红蓝的颜色越深说明体系越亲水？
颜色越白越接近中性，说明越疏水吗？

不说色彩刻度定义的前提下，问这个没意义

xu123123 发表于 2025-9-9 12:52
老师，请问在画静电势的图中，红色区域的面积能定量分析吗？

说清楚想怎么定量分析

老师，在静电势的图中，是不是红蓝的颜色越深说明体系越亲水？
颜色越白越接近中性，说明越疏水吗？

老师，请问在画静电势的图中，红色区域的面积能定量分析吗？

zmx. 发表于 2025-7-28 21:57
老师您好，之前提问过的问题：Tachyon渲染之后图片的像素比较低，运行VMDrender_full.bat或者VMDrender_n ...

目前我是将VMDrender_full.bat里的内容修改了一下，已经得到了相对清晰的图片，麻烦老师了

zmx. 发表于 2025-7-26 21:19
好的，我试一下，谢谢sob老师

老师您好，之前提问过的问题：Tachyon渲染之后图片的像素比较低，运行VMDrender_full.bat或者VMDrender_noshadow之后得到的图片像素提高了，但亮度太高导致曝光。您之前回答我说可以调整渲染选项，但是我尝试了一下没有找到调哪个地方，新手求老师详细指教

sobereva 发表于 2025-7-26 12:25
调整渲染选项

好的，我试一下，谢谢sob老师

zmx. 发表于 2025-7-25 22:25
渲染之后图片的像素比较低，运行VMDrender_full.bat之后得到的图片像素提高了，但亮度太高，使结构无法清楚 ...

调整渲染选项