sobereva 发表于 2018-10-16 01:12 恩，明白了，谢谢sob老师指点。  |
小范范1989 发表于 2018-10-15 11:17 二聚体结合能就是最客观的衡量相互作用强弱的做法 如果是优化完了的二聚体，RDG不可能在接触的地方展现不出来相互作用。 你也可以用基于力场方式做能量分解来考察，由于可以把原子的贡献以及物理成分给出，讨论更透彻 使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 http://sobereva.com/442 |
sobereva 发表于 2018-10-15 09:33 偶，这样子，明白了，也就是不能单纯的通过电子密度的增加或者减小来判断pi-pi作用的增强或者减小。谢谢sob老师指点。 “而且也应该结合具体作用能的数值、优化出来的堆积的二聚体结构来讨论。”老师您说这句话指的是通过二聚体结合能的大小来衡量这个分子间作用的大小吗？ 我的意思是：有没有一种方法来定量的比较分子间相互作用的强弱？ 我之前都是通过RDG来看有没有相互作用，现在想定量的比较一下大小，这个可以通过什么途径实现呢？ 谢谢sob指导，麻烦老师了。 |
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他这段话表述得并不够清楚。而且也应该结合具体作用能的数值、优化出来的堆积的二聚体结构来讨论。对于这种很小的芳环，其实pi-pi堆积倾向性并不高。 环上的静电势一般为负，静电互斥是对于pi-pi堆积不利的一面，但一般体系中都会出现位错来降低这种互斥作用。分布密集的pi电子之间的色散作用，是pi-pi堆积的源动力。因此pi-pi堆积有两面性。 图不是Multiwfn作的，而且二维图是ps上去的 当然用Multiwfn绘制也很容易 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图 http://sobereva.com/443 |
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