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vmd显示分子问题

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wasngsimin

发布时间: 2018-11-15 15:33

正文摘要:

各位老师，我有几个问题想问一下：1.vmd显示分子的时候，发现有的甲烷上只连了两个碳原子，有的水分子上只连了一个氧原子，这是为什么呢？应该怎么解决啊？2.在用vmd显示距离某一个分子一定半径范围内的原子的时候， ...

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八力八力卜 发表于 Post on 2024-8-22 13:45:50

sobereva 发表于 2024-8-22 01:30
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.ht ...

好的谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-8-22 01:30:53

八力八力卜发表于 2024-8-21 18:48
请问怎么用vmd选择的这些距离某分子特定距离的原子啊

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

八力八力卜 发表于 Post on 2024-8-21 18:48:55

请问怎么用vmd选择的这些距离某分子特定距离的原子啊

三三33 发表于 Post on 2019-9-17 11:10:51

sobereva 发表于 2019-9-17 03:31
VMD自带的Hbond的drawing method

谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2019-9-17 03:31:10

三三33 发表于 2019-9-16 15:22
请问您图中虚线是如何显示的呢

VMD自带的Hbond的drawing method

三三33 发表于 Post on 2019-9-16 15:22:57

wasngsimin 发表于 2018-11-15 17:49
我懂了 sob老师把距离调小就可以了谢谢您！刚才脑子没转过来

请问您图中虚线是如何显示的呢

wasngsimin 发表于 Post on 2018-11-15 17:23:47

sobereva 发表于 2018-11-15 16:45
1 成键判断问题。距离太远就不当成成键了。可以用dynamics bond方式显示，可以设距离阈值
2 用same fragme ...

sob老师，您说的方法我试了，确实可以。但其实问题2我是想问怎么不显示散落的原子，不是显示完整的分子，不知道您有什么好的方法？

sobereva 发表于 Post on 2018-11-15 16:45:02

1 成键判断问题。距离太远就不当成成键了。可以用dynamics bond方式显示，可以设距离阈值
2 用same fragment as {within ...}，使得分子保持完整，此视频利用了这点：
基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/

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