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用高斯优化有机体系，用的是B3LYP/6-31G(d), 算的好慢

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大王雷

发布时间: 2018-11-19 14:57

正文摘要:

和 CH2=CHCONH2 请问我想用高斯优化以上的分子体系，然后计算弱相互作用，用的基组是B3LYP/6-31G(d), 算的好慢，都有一个星期了，请问是什么原因呢？

回复 Reply

Tanya 发表于 Post on 2019-1-19 13:20:33

是不是没开并行啊？只用了一个核？有次下班前提交一个任务，忘记写核数了，单核算了一个晚上。因为体系比较大，第二天早上想收割的时候发现初猜的波函数都没出来

sobereva 发表于 Post on 2019-1-18 00:19:19

liuyjhx 发表于 2019-1-17 22:01
老师，我的过渡态和中间体计算频率也是很慢很慢是不是也是因为结构画的有问题啊

跟结构没直接关系。搞清楚基本原理，弄清楚程序都在算什么，仔细监控计算过程

granvia 发表于 Post on 2019-1-17 22:49:21

Br原子可以考虑用赝势基组，另外可以试试density fitting

liuyjhx 发表于 Post on 2019-1-17 22:01:42

sobereva 发表于 2018-11-20 10:48
别干等着，仔细看优化过程，看是否发生震荡之类，发现出现震荡、算下去没希望就赶紧停了重新调整关键词再计 ...

老师，我的过渡态和中间体计算频率也是很慢很慢是不是也是因为结构画的有问题啊

sobereva 发表于 Post on 2018-11-20 10:48:37

别干等着，仔细看优化过程，看是否发生震荡之类，发现出现震荡、算下去没希望就赶紧停了重新调整关键词再计算，怎么调整仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

弱相互作用复合物体系本来就相对不容易收敛

而且问为什么计算慢之类的问题的时候一定要说清楚用的什么机子，给了多少核之类

你用的计算级别对于算弱相互作用完全不可接受，无论是基组还是泛函的层面。仔细看以下文章两了解最基本常识，免得浪费机时算出一堆耗无意义的数据
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

cokoy 发表于 Post on 2018-11-20 08:53:24

用b3lyp计算弱相互作用要加色散矫正的，参考社长的这篇博文http://sobereva.com/210。
如果没加奇怪的关键词，算的慢可能是初始构型给的比较差，可以用半经验预优化一下。

sunny88 发表于 Post on 2018-11-20 04:43:19

计算弱相互作用用B3LYP肯定要加dispersion的。首先要确保比较合理的初始结构，这两个分子间会形成氢键。正常情况几个小时就能优化完，最好贴上输入文件关键词。

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