matlab 版本的。
你需要定义你的x,y,以及你的三层的数据。文字和原子，其实是可能通过其它的软件vmd, pymol画好后，用gimp 加到里面，这里只画一个。


clear all
clc
clf

%% outline
% plot diff layer potential surfs

%% main
% the x,y
x=[1:10];
y=[0:8];
[X,Y]=meshgrid(x,y);

% your potential values,
Z1  = sin(0.2*X+0.7*Y );
Z2  = exp(0.1*X.*cos(0.5*Y.^1.1))+3;
Z3  = 0.1*((X-5).^2 + (Y-6).^2)+7;

% atom x,y,z
[s_x,s_y,s_z]=sphere(50);
x_shift = 3;
y_shift = 2;
z_shift = 12;
r=0.6;


%% plot
hold on
% surf 3 layers
h1=surf(X,Y,Z1);
h2=surf(X,Y,Z2,Z2+10); % you can modify 10 to change the color of the layer
h3=surf(X,Y,Z3,Z3+20); % you can modify 20 to change the color of the layer

alpha(h1,0.95);
alpha(h2,0.9);
alpha(h3,0.8);

% plot atom
surf(r*s_x+x_shift,r*s_y+y_shift,r*s_z+z_shift,'edgecolor','none','markerfacecolor','w')

% Text
text(3,4,10,'S_2','fontsize',16)


% plot point on surf
plot3(X(6,5),Y(6,5),Z3(6,5),'yo','markerfacecolor','y','markersize',10);

% other settings
view(150,30);
axis off
axis equal
camlight



%% logs
% mod : 2018年 11月 21日 星期三 08:52:09 CST
% mod by mm
% contact : meatball1982@163.com

注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助及具体内容（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“势能面图”改了，望以后注意

做势能面扫描，然后用surfer、sigmaplot、Origin、matlab之类绘制