gromacs中如何约束角度/虚原子

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发布时间: 2018-12-17 09:09

我想问下在gromacs中如何约束角度？我在手册中只查到了通过两个向量约束角度的方法。但是我想约束环氧乙烷(如图)中的一个角(∠123），但是当我写 1 2 2 3 时，运行会报错，不能重复使用2 请问这种情况下应该怎么约束 ...

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wfmf1994 发表于 Post on 2018-12-28 15:00:51

sobereva 发表于 2018-12-18 03:52
这么刚性的结构，是否做约束从实际角度来看没什么区别

恰当时候用constraints=all-angles比较省事

老师，我还想请问一下，gromacs有没有办法去约束虚原子

wfmf1994 发表于 Post on 2018-12-20 10:59:01

sobereva 发表于 2018-12-18 03:52
这么刚性的结构，是否做约束从实际角度来看没什么区别

恰当时候用constraints=all-angles比较省事

老师，是这样的，我想做一个角度变化，就是只能让这个角变化，所以想要约束这个角，但是没找到太好的方法

sobereva 发表于 Post on 2018-12-18 03:52:05

这么刚性的结构，是否做约束从实际角度来看没什么区别

恰当时候用constraints=all-angles比较省事

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