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ORCA做TDDFT计算三聚氰胺出现与实验不符的问题

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发布时间: 2018-12-21 12:06

正文摘要:

各位老师好,我想用Orca做三聚氰胺(Melamine)的紫外可见吸收谱的计算,现在遇到了一些问题,计算与实验不符合,想向各位老师请教。考虑溶剂效应,先基于PBE0/def2-SVP(D)/CPCM进行几何优化,后进行TDDFT计算。输入 ...

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我本是个娃娃 发表于 Post on 2018-12-22 16:22:54
clwater 发表于 2018-12-22 16:15
昨晚试了下,算算了,莫名今早崩了…

报错如下:

It can be done by Gaussian, and you are supposed to read the manual of ORCA carefully if you fail to use Gaussian.
clwater 发表于 Post on 2018-12-22 16:15:42
我本是个娃娃 发表于 2018-12-21 18:07
Do you try to use EOM-CCSD method?

昨晚试了下,算算了,莫名今早崩了…

报错如下:

--------------------------------
AUTOMATIC CHOICE OF INCORE LEVEL
--------------------------------

Memory available                           ...  32000.00 MB
Memory needed for Residual-vectors         ...   2358.42 MB
Memory needed for Ritz-vectors             ...   2358.42 MB
Memory needed for 3-ext integrals          ...      0.00 MB
Memory needed for Sigma-vectors            ...  94336.85 MB
Memory needed for State-vectors            ...  94336.85 MB
-> Final InCoreLevel    ... 3


Dressing integrals for EOM-CCSD            ... done ( 5489.0)
Building the initial guess                 ... done (    1.4)

Iter    Delta-E          Residual              Time
---------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 5 with PID 0 on node hc01n13 exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------

ORCA finished by error termination in MDCI
Calling Command: mpirun -np 8  /gpfs/home/xx/orca/orca_mdci_mpi /gpfs/home/xx/Try/MA/EOM-CCSD/MA.mdciinp.tmp
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 432]:
  .... aborting the run
clwater 发表于 Post on 2018-12-22 16:13:20
wbn 发表于 2018-12-22 08:19
这个shoulder也有可能不一定出自于单个分子的电子态啊。比如有二聚体存在,或者分子与溶剂产生氢键,甚至原 ...

哈哈

想到过,但没有深入考虑,这可能是比较后面考虑的问题。
clwater 发表于 Post on 2018-12-22 16:11:03
柒月小鱼 发表于 2018-12-21 15:16
B3LYP值得考虑这个肩峰的由来,很可能是对应某个振动模式
同时HF成分更低,波长上也会更接近

你好

十分感谢您提的帮助,我B3LYP/SVP,ORCA4.1算了一下振动分辨光谱,好像是有尖峰,但光谱整体红移比较显著,后续将继续优化看看。

谢谢
wbn 发表于 Post on 2018-12-22 08:19:23
这个shoulder也有可能不一定出自于单个分子的电子态啊。比如有二聚体存在,或者分子与溶剂产生氢键,甚至原料不纯等等因素都考虑过了吗?
我本是个娃娃 发表于 Post on 2018-12-21 18:07:00
clwater 发表于 2018-12-21 17:10
娃娃你好

我之前已经试过了M06-2X,记得也没有算出肩峰。

Do you try to use EOM-CCSD method?
clwater 发表于 Post on 2018-12-21 17:10:19
我本是个娃娃 发表于 2018-12-21 12:15
try to use M06-2X, or the method of double hybrid functional can be employed

娃娃你好

我之前已经试过了M06-2X,记得也没有算出肩峰。

双杂化泛函今天试了一下B2PLYP/TZVP,更激发能更趋向于高估,感觉与实验相比更为蓝移,而且没有肩峰的出现。

结构优化输入
! RI-B2PLYP-D3 def2-TZVP def2-TZVPD def2/JK RIJK
! grid5 finalgrid6 TightSCF NOPOP
! CPCM(WATER) OPT

TDDFT输入
! RI-B2PLYP def2-TZVP def2-TZVPD def2/JK RIJK grid5 finalgrid6 TightSCF NOPOP
! CPCM(WATER)
%tddft nroots 10
        TDA false
end

计算结果
-----------------------------------------------------------------------------
         ABSORPTION SPECTRUM VIA TRANSITION ELECTRIC DIPOLE MOMENTS
-----------------------------------------------------------------------------
State   Energy  Wavelength   fosc         T2         TX        TY        TZ  
        (cm-1)    (nm)                  (au**2)     (au)      (au)      (au)
-----------------------------------------------------------------------------
   1   51027.7    196.0   0.000000011   0.00000  -0.00025  -0.00011   0.00000
   2   50747.6    197.1   0.000000263   0.00000  -0.00008   0.00130  -0.00011
   3   53379.5    187.3   0.000000364   0.00000  -0.00142   0.00026   0.00041
   4   53668.3    186.3   0.000003955   0.00002   0.00470   0.00146   0.00005
   5   53389.5    187.3   0.000003146   0.00002  -0.00056   0.00437  -0.00005
   6   53337.7    187.5   0.016932932   0.10451   0.00020  -0.00118   0.32328
   7   54969.1    181.9   0.000036160   0.00022  -0.01359   0.00562   0.00062
   8   54969.3    181.9   0.000038831   0.00023  -0.00052  -0.01524  -0.00005
   9   55434.1    180.4   0.594165957   3.52863  -0.31238   1.85231   0.00009
  10   55434.0    180.4   0.595356855   3.53571   1.85409   0.31315   0.00134
柒月小鱼 发表于 Post on 2018-12-21 15:16:08
B3LYP值得考虑这个肩峰的由来,很可能是对应某个振动模式
同时HF成分更低,波长上也会更接近
我本是个娃娃 发表于 Post on 2018-12-21 12:15:14
try to use M06-2X, or the method of double hybrid functional can be employed

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