QMMM环境中与气相中分子结构差异原因

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发布时间: 2018-12-23 10:32

本帖最后由函数与激情于 2018-12-23 19:42 编辑各位老师，我最近研究一个非天然碱基的性质，发现在气相环境和DNA QMMM中的结构变化较大，气相中是个弯曲的构型，在DNA中却是几乎平面的构型，尝试了chemshell接 ...

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Jack 发表于 Post on 2018-12-24 05:20:44

是不是溶剂的影响？

sobereva 发表于 Post on 2018-12-24 01:26:08

可以把DNA模型简化到只剩与这个碱基发生氢键作用的碱基，以及与这个分子相连的糖，然后再优化；然后可以再把氢键作用的碱基也给去掉；然后再把糖去掉。反复对比看是什么因素引起的。

函数与激情 发表于 Post on 2018-12-23 19:36:12

sobereva 发表于 2018-12-23 18:07
最好把QMMM优化的结果的结构图贴上来

老师，已经上传了优化完的DNA的结构，外面的水盒子去掉了，中间的含硫三元环是我的QM分子

sobereva 发表于 Post on 2018-12-23 18:07:14

最好把QMMM优化的结果的结构图贴上来

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