霜晨月 发表于 2018-12-26 00:35
这种情况，只是看上去两条链分开了，其实计算时还是按照两条链在一起来计算的，不用担心。你算一下frame338 ...

谢谢你😀

这种情况，只是看上去两条链分开了，其实计算时还是按照两条链在一起来计算的，不用担心。你算一下frame338两条链间的作用能，与前后帧对比一下就知道了。

fhh2626 发表于 2018-12-25 12:47
你把轨迹读进去，pbc wrap一下就可以了
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/

pbc wrap 在弄啦，参数设置还不太会，摸索ing。
谢谢你~

yl1088 发表于 2018-12-25 13:38
rmsd是align之后才计算的，不是直接就计算

是的，要先align，我知道的。
就是想知道有没有方法可以在模拟时，就直接把多聚体作为一个整体，而不是单链返回镜像。

rmsd是align之后才计算的，不是直接就计算

霜晨月 发表于 2018-12-25 12:20
这个可能只是显示的问题，对实际计算过程和计算结果没有影响。要先修正PBC再计算RMSD，才有意义。

Hi，感谢回复。

修正PBC可以用命令，或者写个小脚本实现。
我疑惑的是进行的是多聚体的模拟，如果单链返回镜像，就像拆成了多条链的同时模拟，这在计算链与链之间的一些参数时，不会影响到嘛。
所以想着有没有可能，在模拟过程中就把多聚体作为一个整体，避免出现单链返回镜像。

你把轨迹读进去，pbc wrap一下就可以了
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/

（不要问我参数怎么设，wrap是门玄学，自己多试试，不过我还没见过wrap不成功的）

这个可能只是显示的问题，对实际计算过程和计算结果没有影响。要先修正PBC再计算RMSD，才有意义。