RMSD是一个非常粗糙的度量，从2A到2.5A只说明有一些局部的结构扰动，除非大到6A以上说明蛋白整体结构开始解离了，而你所有的模拟都没看到这一现象。如果要和酶活去做相关，建议分析active site/pocket部分的RMSD。