Sob老师您好，非常感谢您的解答，按照我的理解，是需要把低层设置成3-21G，高层按照原有的6-31G吗？这样分层优化的方法还是需要使用ONIOM模型吗？学生愚笨，望老师理解。

你这种体系用B3LYP而不加DFT-D3校正结果根本没法用（看《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？” 》http://sobereva.com/413）。AM1也根本没法像样描述弱相互作用。
体系总共才区区157个原子，把你当成低层的区域用便宜的基组，比如3-21G，计算根本没多高的耗时（实际上用6-31G*耗时也并很不高，对于如今一般配置的双路服务器而言），比你当前用ONIOM强百倍。用ONIOM会招致一堆麻烦，没事绝对甭用ONIOM，往往最后瞎折腾一通，有用的结果没得到，时间和计算资源反倒白浪费了，或者好不容易弄出来篇文章投出去还遭审稿人质疑。更何况AM1早就过时了，现在哪还有用AM1的。

简单来说，对此体系甭用ONIOM，否则一定会后悔的。