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发布时间: 2019-1-8 20:08

正文摘要:

各位老师大家好,我根据q-chem manul写了一个in文件,想画出分子轨道图,可是生成的out文件用vmd打不开,请问这是怎么回事呢?如果用qchem产生空穴面元,请问应该怎么写in文件呢?老板要求用qchem产生空穴面元,看了 ...

回复 Reply

量化小菜鸡 发表于 Post on 2019-2-25 15:02:17
IQMOl,它对应的GUI可以做出来吗?
sobereva 发表于 Post on 2019-1-9 22:25:57
小西瓜123 发表于 2019-1-9 15:44
谢谢您,我会注意manual的书写,可是qchem怎么生成fch文件呢,然后空穴面元是Based on the continuum
mo ...

在$rem里面写GUI 2就会在当前目录下产生.fchk文件。
值得一提的是,别用Q-Chem输出的.molden文件作为Multiwfn的输入文件,Q-Chem的这个文件不标准,不被目前版本Multiwfn兼容。
alonewolfyang 发表于 Post on 2019-1-9 18:55:20
本帖最后由 alonewolfyang 于 2019-1-9 18:57 编辑
小西瓜123 发表于 2019-1-9 15:44
生成了一个plot.mo文件,没有看到有cube文件,请问加什么关键词可以生成cube文件呢

你没仔细看说明书,说明书上有看分轨道的任务例子C:\Users\Administrator\Desktop\Inked.jpg

TIM截图20190109184937.jpg (184 KB, 下载次数 Times of downloads: 80)

TIM截图20190109184937.jpg
小西瓜123 发表于 Post on 2019-1-9 15:44:49
alonewolfyang 发表于 2019-1-8 23:14
用cube文件看,别用out文件,手册说的很清楚了

生成了一个plot.mo文件,没有看到有cube文件,请问加什么关键词可以生成cube文件呢
小西瓜123 发表于 Post on 2019-1-9 15:44:15
sobereva 发表于 2019-1-8 23:41
用Multiwfn看轨道,又快又方便又免费,是最佳选择,比你的方法好得多的多,看
使用Multiwfn观看分子轨道
...

谢谢您,我会注意manual的书写,可是qchem怎么生成fch文件呢,然后空穴面元是Based on the continuum
model, the continuous polarization charge density σ of the
cavity surface is partitioned into a finite set of surface charge
{q i }, and each is associated with a small portion called “tessera”
or “surface element”这句话里面的tessera 或者surface element,原文献doi为10.1021/jp4046935,请问您知道这个怎么划分吗?
小西瓜123 发表于 Post on 2019-1-9 15:42:23
myzpku 发表于 2019-1-9 08:27
普通的qchem input加上gui = 2可以生成fchk file, 可以用iqmol打开看分子轨道,也可以用其他visualization ...

Based on the continuum
model, the continuous polarization charge density σ of the
cavity surface is partitioned into a finite set of surface charge
{q i }, and each is associated with a small portion called “tessera”
or “surface element”就是这句话里面的tessera 或者surface element,原文献doi为10.1021/jp4046935,请问您知道这个怎么划分吗?
myzpku 发表于 Post on 2019-1-9 08:27:44
普通的qchem input加上gui = 2可以生成fchk file, 可以用iqmol打开看分子轨道,也可以用其他visualization工具。楼主提供的input算完后应该在working directory里会有一个xxx_plots的文件夹,里面会有.cube files也可以看。

不知道空穴面元指的是什么所以没法解答这个问题。。有对应的英文么?
sobereva 发表于 Post on 2019-1-8 23:41:18
用Multiwfn看轨道,又快又方便又免费,是最佳选择,比你的方法好得多的多,看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html

要更好效果可以结合VMD,看
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)
http://sobereva.com/449http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html

Q-Chem的fch文件可以作为Multiwfn的输入文件,载入前先把settings.ini里的ifchprog设为2

注意manual的正确拼写。另外没有“空穴面元”这种词

alonewolfyang 发表于 Post on 2019-1-8 23:14:17
用cube文件看,别用out文件,手册说的很清楚了

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