lh6576723 发表于 2024-1-6 21:27
Sob老师您好，我做RDG点图的时候，想屏蔽掉分子内部原子之间的点或者spike，只想看到分子与分子之间的相互 ...

强烈建议改用IGMH
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

Sob老师您好，我做RDG点图的时候，想屏蔽掉分子内部原子之间的点或者spike，只想看到分子与分子之间的相互作用的spike，请问如何操作（vmd的可视图我明白如何做）

sobereva 发表于 2022-5-1 15:21
我已更新了官网上的Multiwfn最新版本，在用-2或-3改过格点数据后，会出现选项-4用来恢复成原本的格点数据

感谢sob大人，五一劳模就是您

neocc 发表于 2022-4-30 17:11
抱歉社长，我之前描述的太过笼统。
比方说，在IRI.txt文件中写入
20

我已更新了官网上的Multiwfn最新版本，在用-2或-3改过格点数据后，会出现选项-4用来恢复成原本的格点数据

sobereva 发表于 2022-4-30 07:29
我不知道你说的具体是哪个GUI
以及具体做什么多步操作

抱歉社长，我之前描述的太过笼统。
比方说，在IRI.txt文件中写入
20
4
3 //High quality grid,   covering whole system, about 1728000 points in total
-3
-0.05,-0.03
100
7    //Show isosurface of IRI
0.5

使用multiwfn 1.fchk <IRI.txt 命令，格点计算完后就会弹出等值面图，点击右上角的"RETURN"后，multiwfn就结束运行了。

如果我想进一步调整sign(lambda_2)rho值，只能重新修改IRI.txt的sign(lambda_2)rho范围，然后重新计算格点数据。

希望社长大人 在 "3 High quality grid,   covering whole system, about 1728000 points in total" 之后  加个储存并恢复成原本格点数据的功能。

就可以这样写IRI.txt（如果有三个sign(lamda_2)rho区域需要研究）

在IRI.txt文件中写入
20
4
3    //High quality grid,   covering whole system, about 1728000 points in total
//第一个sign(lamda_2)rho区域
-3
-0.25,-0.23
100
7
0.8   //之后Show isosurface of IRI ，点击右上角的RETURN按键
//第二个sign(lamda_2)rho区域
// 加入回复格点数据的功能
-3
-0.15,-0.13
100
7
0.7  //之后Show isosurface of IRI ，点击右上角的RETURN按键
//第三个sign(lamda_2)rho区域
// 加入回复格点数据的功能
-3
-0.05,-0.03
100
7
0.5
q //退出

neocc 发表于 2022-4-29 11:07
感谢社长
关于2，请问GUI使用reture后如何再通过预设好的txt文件进行多步操作呢？

我不知道你说的具体是哪个GUI
以及具体做什么多步操作

sobereva 发表于 2022-4-29 08:33
1 不能说没有精确的坐标，因为本来相互作用就不是一个点，而是一片区域。实际上用Multiwfn的拓扑分析功能 ...

感谢社长
关于2，请问GUI使用reture后如何再通过预设好的txt文件进行多步操作呢？

neocc 发表于 2022-4-28 12:54
请问社长

是否可以这么理解：IRI找共价键和弱相互作用可一网打尽无遗漏，但没有精确的坐标；AIM仅能找到 ...

1 不能说没有精确的坐标，因为本来相互作用就不是一个点，而是一片区域。实际上用Multiwfn的拓扑分析功能或盆分析功能也可以做IRI的拓扑分析，寻找极小点，这样的点可以展现AIM CP展现不出的一些相互作用。详见IRI原文里的专门的讨论

2 需要的话，我可以在后处理菜单加个恢复成原本格点数据的功能

请问社长

2.5 散点图中有一些spike并未完全戳到底（虽然离底部很近），合理么？有物理意义么？
2.6 RDG分析能定量化么？

是否可以这么理解：IRI找共价键和弱相互作用可一网打尽无遗漏，但没有精确的坐标；AIM仅能找到精确CP坐标和键径，缺点是遗漏弱相互作用区域。

2.9 一个体系有好多种相互作用，散点图上有好多spike，怎么区分哪个相互作用对应哪个spike？

文中提到的方法（3），有没有办法在grid计算完成后，可以反复修改感兴趣的IRI区域，避免大体系重复计算耗时费力。

根据用户的提问，给此文增加了一节“2.12_2 为什么蓝色等值面外面一圈是红色的？”

Peter_zhong 发表于 2020-5-22 10:50
你的图片里 看到工具栏 兼容性文件 那几个字没有 我的就是在这面 因为之前装VMD在C盘 一堆限权

嗯好的，找到了，谢谢

Scarlett-ww 发表于 2020-4-11 12:52
Sob老师您好，我保存好vmdscene.tga之后，在vmd-File-Render-Filename-Browse中可以找到，在但在资源管理器 ...

你的图片里 看到工具栏 兼容性文件 那几个字没有 我的就是在这面 因为之前装VMD在C盘 一堆限权

Scarlett-ww 发表于 2020-4-11 12:52
Sob老师您好，我保存好vmdscene.tga之后，在vmd-File-Render-Filename-Browse中可以找到，在但在资源管理器 ...

进入命令行窗口，运行dir看是否显示
可能设了目录权限之类乱七八糟的导致。并且不要让windows隐藏扩展名，并且要求系统显示所有文件

Sob老师您好，我保存好vmdscene.tga之后，在vmd-File-Render-Filename-Browse中可以找到，在但在资源管理器中打开vmd安装目录却找不到，是怎么回事呢？