欢乐多 发表于 2020-6-19 16:45
老师，您好，
图中E即是我要的产物。从IRC1跑的结果再次优化，得到C；从IRC2跑的结果，再次优化得到D， ...

当成C和D之间构象变化也需要经历过渡态，作为整个反应中的组成部分

sobereva 发表于 2020-6-17 11:16
从TS跑IRC，直接连通哪个就把哪个当这一步的反应物

老师，您好，
图中E即是我要的产物。从IRC1跑的结果再次优化，得到C；从IRC2跑的结果，再次优化得到D，但是C与D的构象不一样，并且C构象也不能优化到D构象去，我的理解是：
1，以上TS1、C、D、TS2等找的都对。图中C与D构象可以互变，若以C为TS1和TS2的中间体时，TS2的能垒为E4；若以D为中间体时，TS2的能垒为E3，TS1的生成能垒为E1，
2，如果1理解错误，可能就是http://sobereva.com/400博文中提到的“(2)优化的时候由于走得步子太大，或者Hessian矩阵不准确，导致优化到了其它邻近的极小点去。......先把IRC跑得尽量长一些，使两端结构尽可能接近极小点时再做几何优化”，就是说TS1、TS2找对了，但是极小点C或D找的不对。
老师，您看理解是否有问题?

sobereva 发表于 2020-6-17 11:16
从TS跑IRC，直接连通哪个就把哪个当这一步的反应物

谢谢老师！

sobereva 发表于 2020-6-17 11:16
从TS跑IRC，直接连通哪个就把哪个当这一步的反应物

老师您好，在新加进去G后，TS3的能垒是与反应物的G+F能量的能量差，相对能量差怎么与A+B联系起来呢？
谢谢

sobereva 发表于 2020-6-17 11:16
从TS跑IRC，直接连通哪个就把哪个当这一步的反应物

老师，第一步基元反应从TS跑IRC得到的产物（已优化）与第二步基元反应从TS跑IRC得到的反应物（相同基组优化）构象不一样，这个中间体的能量哪个为准？

欢乐多 发表于 2020-6-16 10:46
老师，您好，下图2是A+B复合物通过构象搜索、优化（B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt int=fine）、单点能计算得到 ...

从TS跑IRC，直接连通哪个就把哪个当这一步的反应物

老师，您好，下图2是A+B复合物通过构象搜索、优化（B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt int=fine）、单点能计算得到的玻尔兹曼稳定构象。为了让构象搜索得到的玻尔兹曼稳定构象能够朝发生反应的方向去，在两个反应位点上进行了柔性扫描，图1是与搜索过渡态、跑IRC、优化（opt=calcfc  b3lyp/6-31g(d) em=gd3bj int=fine）反应物得到的A+B的构象基本一致，那么在计算能垒的时候，以图2构象体系的能量为参考呢，还是以图1构象体系的能量为参考呢？

老师，请问对于一个反应，要怎么才能确定其是否有过渡态存在呢？目前在计算的一个结构，一直找不到过渡态，也不知道是自己的方法不对，还是真的这个反应就没有过渡态

kekexili_08 发表于 2019-3-5 09:37
QST2和QST3都是不错的方法， 关键是会不会用。 和opt=ts一样， 对结构的直觉最重要。 曾经有人说做QST2必须 ...

一个典型的就是HCN异构化，如果结构是精确优化成直线的，直接就失败，反倒还非得人为先把结构扭曲一下
本来QST2的初始结构就是靠插值猜的，不要求多高精度，所以自然也就不需要两端的结构非得先做优化，非要说必须优化反应物和产物结构的人没正确理解QST2的思想。

QST2和QST3都是不错的方法， 关键是会不会用。 和opt=ts一样， 对结构的直觉最重要。 曾经有人说做QST2必须优化反应物产物， 我提出不是必须， 被人狠批。 事实是我用qst2做TS， 绝大多数给的结构都是没优化过的。 甚至有些时候给优化过的反应物和产物， 反而是不可行的。
再比如， IOP（5/13=1） 我也觉得是好用的。 现在G16里面不能用， 很多结构优化不容易做了。 而用g09，用iop（5/13=1) 轻松搞定。

chemzhh 发表于 2019-2-5 16:16
谢谢sob的分享，平时很多任务都是寻找过渡态，sob的这篇文章也明白了很多时候的困惑应该如何解决。个人的体 ...

这些内容文字不好表述，得举一大堆例子，我都是在科音的量化培训班里通过实例详细讲

chemzhh 发表于 2019-2-5 16:19
另外也可以考虑尝试用现在很火的Grimme的GFN-xTB，普适性比半经验方法更好而且速度飞快，见《将Gaussian与G ...

已改

另外也可以考虑尝试用现在很火的Grimme的GFN-xTB，普适性比半经验方法更好而且速度飞快，见《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》（http://sobereva.com/42）。
这篇博文的链接应该是http://sobereva.com/421

谢谢sob的分享，平时很多任务都是寻找过渡态，sob的这篇文章也明白了很多时候的困惑应该如何解决。个人的体会关键是正确的化学直觉，能够很好的给出初始结构，理论上初始结构给得好，很快就会收敛了，这样也会极大的节省计算资源。但这一点有些时候太难了，我有些时候通过柔性扫描解决，有些时候通过固定相似过渡态的核心结构，先优化外围结构，然后用作初始结构。另外感觉很多时候用gaussview画初始结构的时候，画不出自己想要的结构，不知sob是否有这方面的文章或者有兴趣写一下这方面的内容，谢谢。新年快乐！