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VMD与Multiwfn结合绘制三维结构ESP图中心有个小球是什么意思?

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发布时间: 2019-3-8 08:05

正文摘要:

请问使用Multiwfn和VMD绘制三维结构ESP图后发现三维结构中心会有一个小球,如何理解呢?图片见附件。谢谢各位!

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2019-5-21 01:53:49
xxzj 发表于 2019-5-20 08:56
老师,您好,我想问一下,如何知道某个分子的总ESP值大小,我看文献中"PTO2 shows negative ESP values o ...

“分子的总ESP值大小”根本就没法这么说。ESP是个三维函数,怎么能说总值,若对ESP做全空间积分根本毫无实际意义

只能说分子表面静电势极值点的数值(或者某个区域的分子表面上静电势的平均值),怎么计算看
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
xxzj 发表于 Post on 2019-5-20 08:56:44
sobereva 发表于 2019-3-9 03:19
这个体系笼比较大,所以是中空的,你所说的那个红球实际上是体系内部的电子密度0.001等值面而已
当前的 ...

老师,您好,我想问一下,如何知道某个分子的总ESP值大小,我看文献中"PTO2 shows negative ESP values on the most part of its conjugated backbone, especially for the BDT units, and a minimal ESP value
of -1120 meV is calculated",想问一下,-1120meV是如何计算的,谢谢老师啦
baibing111 发表于 Post on 2019-3-10 01:53:49
sobereva 发表于 2019-3-9 03:19
这个体系笼比较大,所以是中空的,你所说的那个红球实际上是体系内部的电子密度0.001等值面而已
当前的 ...

谢谢卢老师解答
sobereva 发表于 Post on 2019-3-9 03:19:22
baibing111 发表于 2019-3-8 22:45
卢老师您好!版本如下:
Multiwfn -- A Multifunctional Wavefunction Analyzer (64bit)
Version 3.6 ...

这个体系笼比较大,所以是中空的,你所说的那个红球实际上是体系内部的电子密度0.001等值面而已
当前的图说明体系内表面静电势为正。这是由于这种笼状体系的电子倾向于往体系外侧转移,导致笼的内部区域一定程度上缺电子,对核电荷屏蔽不足,出现了正的静电势
sobereva 发表于 Post on 2019-3-8 08:07:54
我不知道你算的是什么体系,最好把输入文件压缩后上传,并且把在Multiwfn完整的操作步骤贴出来。并且注明你用的Multiwfn版本(刚启动时显示的)

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