sobereva 发表于 2019-3-13 04:06
gmx trjconv转换，里面用-b指定起始时间

谢谢老师！

少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-12 21:03
老师您好，我想请问一下，我做了10ns的模拟，我想求后5ns 的轨迹来求数据，我应该怎么拆分轨迹文件呢？用 ...

gmx trjconv转换，里面用-b指定起始时间

sobereva 发表于 2019-3-12 05:15
500 500 480就可以
如果一开始都完全没有做过平衡过程，那最好是0 500 500 480。这样让一开始有个升温阶 ...

老师您好，我想请问一下，我做了10ns的模拟，我想求后5ns 的轨迹来求数据，我应该怎么拆分轨迹文件呢？用什么命令呢？感谢您！

sobereva 发表于 2019-3-12 05:15
500 500 480就可以
如果一开始都完全没有做过平衡过程，那最好是0 500 500 480。这样让一开始有个升温阶 ...

我知道了  非常感谢您！

少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-11 21:23
老师，是我可以先做一个npt的mdp文件，让体系在500k的温度下跑一会，然后用续断点，跑500K到480K的模拟对 ...

500 500 480就可以
如果一开始都完全没有做过平衡过程，那最好是0 500 500 480。这样让一开始有个升温阶段，一下子从没有速度控温到500K容易不稳定

sobereva 发表于 2019-3-11 15:57
为什么要用gen_vel = yes ？难道想让第一步的速度直接就对应500K的情况？这样做会造成初始速度很大，让体系 ...

老师，是我可以先做一个npt的mdp文件，让体系在500k的温度下跑一会，然后用续断点，跑500K到480K的模拟对吗？谢谢您！或者直接500 500 480 这样设置退火？

为什么要用gen_vel = yes ？难道想让第一步的速度直接就对应500K的情况？这样做会造成初始速度很大，让体系突然膨胀，这在原理上是不合理的。正确做法是先在500K平衡一段，然后再慢慢开始降温。
密度为什么慢慢增长，直接观看轨迹，并且让VMD画出盒子，很容易弄清楚原因。