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AICD作图分子重合了,该怎样处理?

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发布时间: 2019-3-14 10:07

正文摘要:

做了苯的正常,做卟吩的,分子重合了,该怎么处理一下?

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乐平 发表于 Post on 2022-4-14 22:10:14
推荐看这个博文,https://wongzit.github.io/visualization-of-aromaticity-aicd/

里面的例子虽然和 Sob 老师的例子相似,但是图呈现得更形象。

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X教授 发表于 Post on 2019-3-29 00:15:16
首先建议楼主在输出AICD文件的时候可以将格点数目设置到800000然后加上-s(就是等值面变得平滑)。对于视角问题正如sobereva老师的教程所写,更改location <0, 0, -250>,可以改到-1250,应该可以看到整个分子。最后如果分子比较大,AICD输出三个视角图片的时候很容易重叠,办法也在sobereva教程里面,调整每一个图像的位置,可以慢慢试,最终所有的结构可以分开。
sobereva 发表于 Post on 2019-3-14 17:21:57
zhww 发表于 2019-3-14 15:50
好像也不行,只能截取分子的一部分,不能取整个分子, 好像分子超出了绘图空间。

调整视角设置,看
使用AICD程序研究电子离域性和磁感应电流密度
http://sobereva.com/147
如果想在渲染时让视野更大一些,可以将.RenderMich.pov文件开头的location <0, 0, -250>中的-250进行修改,越负视野越大。如果想调节分子朝向,可以在运行AICD时利用-rot选项进行设定,或者直接修改已经生成的.Rotate.inc里面的三个量,和使用-rot是等效的。
sobereva 发表于 Post on 2019-3-14 11:20:52
绘制只包含一个视角的图

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