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请教各位,使用AIM计算氢键时与IGM模型计算的结果并不一致是为什么呢?

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发布时间: 2019-3-18 12:34

正文摘要:

各位老师好,最近拜读了Sober老师《使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图》及《通过独立梯度模型(IGM)考察分子内和分子间的弱相互作用》两篇博文,受益匪浅。最近对自己的课题进行研究的过程中,出现了 ...

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shaco 发表于 Post on 2019-3-19 14:28:54
sobereva 发表于 2019-3-18 15:44
RDG或者IGM可以更完整地揭示弱相互作用存在的区域,而AIM根据临界点去判断,很多时候会有遗漏,例如:


...

多谢sober老师!我再多体会一下里面的道理,看能否更合适的运用到自己的课题里面去。十分感谢!
sobereva 发表于 Post on 2019-3-18 15:44:08
RDG或者IGM可以更完整地揭示弱相互作用存在的区域,而AIM根据临界点去判断,很多时候会有遗漏,例如:





至于你的IGM等值面图,不一定非得解释成典型氢键,可以解释成弱氢键,并伴随着周围的大面积的色散作用。

那个不是指向了C-H,实际上还是通向碳,只不过最后一段被键给掩盖了。
这种看似古怪情况也是体现键径这种东西只是数学上定义的,未必有确切化学意义。此时应当用RDG或IGM来分析解释

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