求助：Martini力场模拟的能量为何总会有突变？

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发布时间: 2019-3-19 03:49

本帖最后由 sour1993 于 2019-3-19 04:00 编辑如图，用gromacs计算出Martini力场下蛋白部分残基和小分子之间的作用，总会有瞬间巨大的排斥力，调整步长、温度等依然出现这个问题。而用全原子力场算的时候就不会 ...

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fhh2626 发表于 Post on 2019-3-21 15:51:45

你用switching function了吗？可以改一下cutoff试一试

sobereva 发表于 Post on 2019-3-19 09:46:01

本来这个问题就严重不适合粗粒化力场，否则即便模拟不出问题，描述精度也太糟糕

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