sobereva 发表于 2019-3-27 10:26 mdp是常用的mdp。拓扑文件我仔细看过，自己做的和网上的差不多，仅有数值上的稍许偏差。 |
tingguang 发表于 2019-3-27 07:31 这说明你当前的mdp或者拓扑文件本身有问题 |
sobereva 发表于 2019-3-27 04:26 我调整过盒子的大小。当盒子小时，会出现lincs错误的问题 |
tingguang 发表于 2019-3-26 22:13 你这个结构明显不合理。 盒子那么大，真空区一大片，做NPT必然会导致盒子迅速收缩，还容易因此出现模拟不稳定 如果你要模拟凝聚相，一开始就应该把盒子填满 |
本帖最后由 tingguang 于 2019-3-26 22:15 编辑 cokoy 发表于 2019-3-26 22:06 盒子大小没什么关系。我尝试过N个大小的盒子  。无论什么盒子，当盒子一边接触到甲酸分子时就报错。以前模拟过甲醇、乙醇和氯仿，都没这种问题。甲酸出现的这个问题真不知道怎么处理！关键是，甲酸分子不均匀扩散，行为类似粘滞流体一般。 |
| 你盒子太大了，NPT必然会使盒子减小啊。。而且甲酸之间有氢键肯定也会聚集 |
本帖最后由 tingguang 于 2019-3-22 22:58 编辑 sobereva 发表于 2019-3-22 19:14 好的，我试试，谢谢！另外，这个图尽管有点乱，这是周期性边界条件造成的，其实甲酸的分子结构并没有变形。这些分子在盒子的Z轴方向上并没有分散，您觉得是什么原因呢？ |
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直接用acpype得到分子的基于GAFF的拓扑文件多好 如果别的地方搞来的拓扑文件里的原子顺序与结构文件里的不符也会导致模拟彻底乱套 |
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本帖最后由 tingguang 于 2019-3-22 13:44 编辑 这是我的mdp文件： integrator = md nsteps = 10000000 dt = 0.001 ; Output control nstxout = 5000 nstvout = 5000 nstenergy = 5000 nstlog = 5000 ; Bond parameters continuation = yes constraint_algorithm = lincs constraints = h-bonds lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Nonbonded settings cutoff-scheme = Verlet ; Buffered neighbor searching ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 10 ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet rcoulomb = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm) rvdw = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm) DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme ; Electrostatics coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics pme_order = 4 ; cubic interpolation fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling is on tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = LIG ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.1 ; time constant, in ps ref_t = 300 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling is on pcoupl = berendsen ; Pressure coupling on in NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 4.0 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-1 refcoord_scaling = com ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Velocity generation gen_vel = no ; assign velocities from Maxwell distribution gen_temp = 300 ; temperature for Maxwell distribution gen_seed = -1 ; generate a random seed |
sobereva 发表于 2019-3-22 12:32 已经重复各种计算方案多次了。每当相对密度在100多时就会出现一下错误：“Program gmx mdrun, VERSION 5.1.4 Source code file: /home/chengqianwei/program/gromacs-5.1.4/src/gromacs/domdec/domdec.cpp, line: 3113 Fatal error: The X-size of the box (2.537634) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than the number of DD cells (4) times the smallest allowed cell size (0.634346) For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors”。力场参数是网站上获得的GAFF力场参数。我后面采用你的方案，直接进行NPT模拟了。都是同样问题，即当盒子缩小到一定程度时计算崩溃。 |
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甲酸肯定会聚集在一起，但绝对没有理由出现真空，NPT的时候自发就消掉了。要么是初始结构有严重问题，要么是计算方式或mdp有问题，要么力场有问题 做NVT模拟没有丝毫意义，一开始packmol给的结构必然很松散，NVT下必然会产生大量真空区，这种无意义的模拟纯粹是浪费时间 |
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