牧生 发表于 2024-4-7 12:06
你看一下第一楼的教程和模板吧
需要把pdb文件和inp放在一起

我放在一起运行的，但还是有这个错误，是我的输入文件有问题吗？

我都放在一起了，但是运行时还是出现segmantation fault

小沫沫 发表于 2024-4-7 11:42
您好，看到您修改了一个帖子的错误，跟我当时模拟的错误一样，您可以帮忙看下吗？ 我是通过腐殖酸片段模 ...

你看一下第一楼的教程和模板吧
需要把pdb文件和inp放在一起

牧生 发表于 2022-4-30 16:20
你注意看一下你建立盒子的大小
比如这部分是没有错的
structure CO2.pdb

您好，看到您修改了一个帖子的错误，跟我当时模拟的错误一样，您可以帮忙看下吗？ 我是通过腐殖酸片段模拟腐殖酸的结构，麻烦您了     tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output HA.pdb

structure C:\Packmol\test1\water.pdb
  number 1000
  inside box 0.0.0.50.50.50
end structure

structure C:\Packmol\test1\C4H4O4.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C4H6O5.pdb
  number 1
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C5H8O3.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C6H12O3.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture
错误也是segmantation fault

davi 发表于 2024-3-13 10:02
老师，问个问题，建packmol或者说跑动力学前，需要对分子进行量子化学优化opt吗

没绝对必要

老师，问个问题，建packmol或者说跑动力学前，需要对分子进行量子化学优化opt吗

wilely 发表于 2024-3-12 20:23
您好，我做环糊精与另外两个分子结合的模拟，初始结构文献是先用环糊精与一个分子结合计算后，再以此复合物 ...

完全取决于研究目的
倘若你对结合过程感兴趣，显然就不能这样

您好，我做环糊精与另外两个分子结合的模拟，初始结构文献是先用环糊精与一个分子结合计算后，再以此复合物为基础与l另外一个分子结合。可不可以开始就把三个分子放在一起作为初始结构。

zhangfaxue 发表于 2023-11-30 20:01
请问add_box_sides 1.2这一行是不是意味着创建的盒子每个方向上都在原来的基础上增加了1.2埃，那盒子大小就 ...

没有什么所谓的“原来的基础”
这是代表相对于当前体系最外侧原子，往各个方向延展1.2埃来定义盒子，类似于gmx editconf的-d

请问add_box_sides 1.2这一行是不是意味着创建的盒子每个方向上都在原来的基础上增加了1.2埃，那盒子大小就不是我原来计算密度时设定的大小了这样会对最终结果产生影响吗?

sobereva 发表于 2023-10-30 01:36
选项13是13 Toggle suppressing printing SCF information during MD，跟当前无关
选项12里选1 Use baro ...

谢谢老师

fd7 发表于 2023-10-29 09:39
谢谢老师，我是用CP2K跑，老师您的意思是在创建输入文件的时候需要通过Multiwfn设置10：2(CSVR)和13：1， ...

选项13是13 Toggle suppressing printing SCF information during MD，跟当前无关
选项12里选1 Use barostat, flexible cell

sobereva 发表于 2023-10-29 00:56
显然不是NPE_F。NPT说明用了热浴来控温（T恒定），用了热浴自然就不属于NPE，因为此时体系和热浴之间有能 ...

谢谢老师，我是用CP2K跑，老师您的意思是在创建输入文件的时候需要通过Multiwfn设置10：2(CSVR)和13：1，这样吗。我是一个盒子里面是石墨烯平面上面有100个水分子，通过packmol创建之后想按照老师讲的做一下水的密度的平衡，使其合理些。

fd7 发表于 2023-10-28 09:41
请问老师，packmol建模之后用NPT跑下MD之后，如何判断水的密度是约为1g/cm3，或者说该怎么判断结构合理了呢 ...

显然不是NPE_F。NPT说明用了热浴来控温（T恒定），用了热浴自然就不属于NPE，因为此时体系和热浴之间有能量交换

诸如你用gromacs跑的，gmx energy从edr文件中直接就可以提取密度随时间的变化

PS：诸如此类动力学模拟的理论和计算的基础知识在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）都详细讲

哪有这么脆弱 发表于 2023-9-25 11:51
sob老师我在lammps教程看到，用lammps内置的命令可以建立圆锥的模型，请问用packmol可以建立圆锥的模型吗

建不了
但是可以考虑packmol建一个立方盒子，然后载入VMD，保存坐标的时候用恰当的选择语句根据几何关系选中一个锥形区域里的原子/分子