Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-2-9 14:30
借楼问个和packmol本身无关的问题，本文最后一节第4段“gmx genion在插入时会考虑体系电荷分布，会把阳离子 ...

那是很久以前我的误解。由于genion需要tpr（体现了原子电荷），很久以前我以为是因为算静电势才需要的。后来经检验没这情况，忘了改此博文的说法。

如果考虑到静电势去插入，可以令初始结构静电作用能更低、相对更稳定，减小初期崩的可能性。当然只要模拟初期不崩，动力学跑的时间够长就无所谓，结果都一样。

借楼问个和packmol本身无关的问题，本文最后一节第4段“gmx genion在插入时会考虑体系电荷分布，会把阳离子和阴离子分别加入到静电势较负和较正的地方”这个说法有具体的来源和解释吗？
看gitlab的GROMACS仓库里当前版本C++源代码，特别是src/gromacs/gmxpreprocess/genion.cpp的insert_ion()和gmx_genion()函数，虽然正离子和负离子是分别添加没错，但是我没有找到按原子电荷计算静电势或者考虑如同号电荷排斥/异号电荷吸引的具体部分，只是根据离子与非溶剂分子的最小距离来排除不可以替换的溶剂分子（由commit 1639c73e定义）。

论坛里很多人做电解液模拟讨论紧密离子对(contact ion pair, CIP)、溶剂分离离子对(solvent-separated ion pair, SSIP)和团簇(aggregate? agglomerate?, AGG)等溶剂化结构，可能会关心初始结构构建是否均匀分散对平衡后统计数目和比例的影响；按理说预平衡时段充分长（能消除初始结构的自相关性“记忆”、保证随机性）的话应该关系不大，但取决于力场参数指认和计算资源限制，这点未必能理想地达成。

sobereva 发表于 2025-3-20 19:30
程序限制之类。问作者
用gmx insert-molecules插入

好的，谢谢sob老师

tktk67 发表于 2025-3-20 19:17
老师因为我研究的是超临界环境，按照已有的论文来设置确实需要很大的体系，但是设置的inp文件z方 ...

程序限制之类。问作者
用gmx insert-molecules插入

sobereva 发表于 2025-3-20 18:02
389nm忒夸张了

老师因为我研究的是超临界环境，按照已有的论文来设置确实需要很大的体系，但是设置的inp文件z方向最高到3000多，但是生成的pdb文件z方向坐标最高只到900多，这是为什么啊

tktk67 发表于 2025-3-20 17:53
请教老师，我设置的体系z方向长度是389nm，填充的是n2分子，为什么最后生成的pdb文件n2分子并没有填满整个 ...

389nm忒夸张了

请教老师，我设置的体系z方向长度是389nm，填充的是n2分子，为什么最后生成的pdb文件n2分子并没有填满整个体系那？

牧生 发表于 2024-4-7 12:06
你看一下第一楼的教程和模板吧
需要把pdb文件和inp放在一起

我放在一起运行的，但还是有这个错误，是我的输入文件有问题吗？

我都放在一起了，但是运行时还是出现segmantation fault

小沫沫 发表于 2024-4-7 11:42
您好，看到您修改了一个帖子的错误，跟我当时模拟的错误一样，您可以帮忙看下吗？ 我是通过腐殖酸片段模 ...

你看一下第一楼的教程和模板吧
需要把pdb文件和inp放在一起

牧生 发表于 2022-4-30 16:20
你注意看一下你建立盒子的大小
比如这部分是没有错的
structure CO2.pdb

您好，看到您修改了一个帖子的错误，跟我当时模拟的错误一样，您可以帮忙看下吗？ 我是通过腐殖酸片段模拟腐殖酸的结构，麻烦您了     tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output HA.pdb

structure C:\Packmol\test1\water.pdb
  number 1000
  inside box 0.0.0.50.50.50
end structure

structure C:\Packmol\test1\C4H4O4.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C4H6O5.pdb
  number 1
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C5H8O3.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C6H12O3.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture
错误也是segmantation fault

davi 发表于 2024-3-13 10:02
老师，问个问题，建packmol或者说跑动力学前，需要对分子进行量子化学优化opt吗

没绝对必要

老师，问个问题，建packmol或者说跑动力学前，需要对分子进行量子化学优化opt吗

wilely 发表于 2024-3-12 20:23
您好，我做环糊精与另外两个分子结合的模拟，初始结构文献是先用环糊精与一个分子结合计算后，再以此复合物 ...

完全取决于研究目的
倘若你对结合过程感兴趣，显然就不能这样

您好，我做环糊精与另外两个分子结合的模拟，初始结构文献是先用环糊精与一个分子结合计算后，再以此复合物为基础与l另外一个分子结合。可不可以开始就把三个分子放在一起作为初始结构。