k64_cc 发表于 2021-5-21 14:44
好问题。我自己的体验是直接上也能凑合，没遇到定性错误，于是也就凑合着用了。

哈哈，没有完美，能解决问题就是好。

量化小菜鸡 发表于 2021-5-21 12:37
H3O+这种不配水一类的算的应该不准吧，还是您意思是有误差但可以接受。

好问题。我自己的体验是直接上也能凑合，没遇到定性错误，于是也就凑合着用了。

k64_cc 发表于 2021-5-21 10:53
其实考虑质子来源就行了，比如来源是酸或者是H3O+。这种质子在两个分子之间明确的转移过程，只要把俩分子 ...

H3O+这种不配水一类的算的应该不准吧，还是您意思是有误差但可以接受。

量化小菜鸡 发表于 2021-5-20 18:32
另外请问下是不是这类反应要配显性溶剂啊，否则质子加不上去吧？但多加几个显性溶剂分子，构象和低频又要 ...

其实考虑质子来源就行了，比如来源是酸或者是H3O+。这种质子在两个分子之间明确的转移过程，只要把俩分子都放进去，拿隐式溶剂也能讨论一下的。

k64_cc 发表于 2019-4-8 09:49
一个基本问题，加氢不是简单的加个质子上去，而是葡萄糖和质子载体（大概是酸）之间的质子转移。单独加质子 ...

另外请问下是不是这类反应要配显性溶剂啊，否则质子加不上去吧？但多加几个显性溶剂分子，构象和低频又要考虑的很多。

一个基本问题，加氢不是简单的加个质子上去，而是葡萄糖和质子载体（大概是酸）之间的质子转移。单独加质子过于unphysical了，而且机理和与酸反应很可能不一样。

图里敢把双键画上吗。

meatball1982 发表于 2019-4-2 14:17
再次感谢 sob大。

这种情况用qst2完全多余，还麻烦
直接用opt=ts多好，也没这种含糊性，看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

meatball1982 发表于 2019-3-30 18:18
1 NRT可以分析
您的帖子里，说gaussian里的NBO不能计算NRT.只能买花钱版本的算。

1 是
2 ZPE显然也为0，就一个原子怎么震动
3 是。但是OH-应当为-1 1

sobereva 发表于 2019-3-30 03:30
1 NRT可以分析
2 没问题，但是H+根本没有算的必要，电子能量必定为0（算热力学数据另谈）
3 均裂和异裂 ...

1 NRT可以分析
您的帖子里，说gaussian里的NBO不能计算NRT.只能买花钱版本的算。

2 没问题，但是H+根本没有算的必要，电子能量必定为0（算热力学数据另谈）
啊，那zpe还是要计算的？

3 均裂和异裂一般是对电中性的体系断裂一个化学键而言的，这种概念对你的情况不适用。
是不是葡萄糖没有电荷，直接去一个 -OH，就要考虑均裂和异裂。
就是

均裂：
c6h1206   -  -OH  ->  C6H11O5
0     1          0  2        0 2

异裂：
c6h1206   -  -OH  ->  C6H11O5
0     1          1  1          1  1

meatball1982 发表于 2019-3-29 20:31
谢谢sob大：

01.2 这俩图只不过是同一个几何结构的两种共振式而已，不算化学过程、不算两种不同构象 ...

1 NRT可以分析
2 没问题，但是H+根本没有算的必要，电子能量必定为0（算热力学数据另谈）
3 均裂和异裂一般是对电中性的体系断裂一个化学键而言的，这种概念对你的情况不适用