sobereva 发表于 2017-5-4 11:17 谢谢老师！ |
qxx 发表于 2017-5-3 17:23 完全不需要一致 |
sobereva 发表于 2015-6-11 18:55 sob老师，那做优化和做单点的方法和基组要保持一致，对么？ |
sobereva 发表于 2015-6-11 21:59 谢谢老师 |
lastzealot 发表于 2015-6-11 21:38 摆一起，优化即可。初始结构不合适经过优化后也就自然得到实际二聚体构型了。 但很可能有多种二聚体构型，如果自己拿不准哪种二聚体构型最稳定就必须摆各种初猜结构分别优化，或者利用molclus来自动处理了（使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577） |
sobereva 发表于 2015-6-11 18:55 请问初始结构怎么设计？两个反应物的距离、构象如何设计？ |
sobereva 发表于 2015-6-11 18:55 非常感谢！初学者，懂得不多，自学很难。最近多亏了sob老师！！ |
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实际上并不需要在溶剂模型下优化结构。 在气相下优化A+B复合物并做振动分析，得到气相下自由能，然后在这个优化好的结构下计算溶剂化自由能（带着溶剂模型和不带情况下的单点能的差值），将二者相加，即是溶剂下的自由能。对于H2O+C也这么计算。最后将反应物和产物求差即可。 一些人认为在气相下而非溶剂模型下优化和做振动分析并不是近似，反倒是必要的，如J. Phys. Chem. A 2010, 114, 13442–13444 |
本帖最后由 fankui1990129 于 2015-6-11 15:20 编辑 lastzealot 发表于 2015-6-11 14:04 谢谢，也就是说原料之间的弱作用忽略不计了么？ 因为这次我们必须考虑产物和水之间的弱作用，这是我们研究的重点，所以产物和水最好能要放一起。后来转念一想，水又是溶剂，所以加入溶剂模型的时候就应该会有影响了 |
| 不就是应该分别计算吗 放到一起计算应该不合理吧 |
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