Yushiki 发表于 2023-2-16 03:38 按理说这三种方法的区别应该不会比SMD本身的误差大太多。如果和实验仍然有出入，可以看看是不是显式溶剂化做得不合理 |
sobereva 发表于 2019-4-11 16:28 老师，这个水有特殊考虑是考虑非极性部分不需要定义这些参数吗，就是直接在关键词写（SMD，water）吗，还是有其他的参数设置方法。 |
sobereva 发表于 2023-2-16 05:12 老师，我总结一下，当混合溶剂里有水时 1、把体系中体积较大（60%以上）的溶剂设为溶剂，然后介电常数加权平均 2、自定义混合溶剂，不考虑非极性部分贡献 3、自定义混合溶剂的介电常数（加权平均）算单点能，得出结果后再加上两种溶剂在纯溶剂时得到的非极性相互作用能SMD-CDS (non-electrostatic) energy的加权平均值。 3可能是最合适的选择 （老师，我用1号方案得出结果与实验确实有点出入，想试试3号方案） |
Yushiki 发表于 2023-2-15 10:49 非极性相互作用能的加权平均 |
Yushiki 发表于 2023-2-15 22:26 SMD-CDS (non-electrostatic) energy |
sobereva 发表于 2023-2-15 05:44 老师，你在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》一文中提到，SMD模型会单独列输出非极性部分的贡献，这个数值在计算单点能的结果文件中可以找到不，如果可以找到在哪个词后面呀。 |
sobereva 发表于 2023-2-15 05:44 谢谢老师，我确认一下，您的意思是计算结果的加权平均不是非极性部分参数的加权平均对吧 |
Yushiki 发表于 2023-2-14 01:20 不一定 可以考虑对非极性作用能做加权平均。就算原理不严格，也比完全不考虑或者只用其中一种溶剂的更有意义 |
sobereva 发表于 2019-4-11 16:28 老师，我想问一下如果体系里有水， 1、把体系中体积较大（60%以上）的溶剂设为溶剂，然后介电常数加权平均 2、自定义混合溶剂，不考虑非极性部分贡献 1是不是比2合适一点 |
Adair 发表于 2019-4-14 16:06 就用默认的IEFPCM，只定义eps就够了 |
sobereva 发表于 2019-4-11 16:28 谢谢老师 十分感谢 根据老师回复的第5个问题，在我研究的这个这个质子转移问题当中，定义混合溶剂还是采用SMD溶剂模型，我只需要在该溶剂模型下定义极性部分就够了，非极性部分可不考虑。 |
|
1 是 2 是 3 水有特殊的考虑 4 如果混合溶剂有水，在我来看，只能定义混合溶剂的eps和epsinf，非极性部分没法严格定义 5 质子转移问题的关键是极性部分，非极性部分没那么重要。只考虑极性部分也够了 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2024-11-25 03:20 , Processed in 0.236467 second(s), 25 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites