dy19930508 发表于 2016-11-18 17:23
Sob老师，您好。我看到您的帖子《DFT-D色散校正的使用》中建议使用BLYP-D3(BJ)方法计算柔性大体系构象、 ...

D3的可靠性早就被充分检验了，应用例子很多，诸如DOI: 10.1039/c4cc06722c

sobereva 发表于 2015-6-15 01:55
好多帖子都涉及色散校正
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

Sob老师，您好。我看到您的帖子《DFT-D色散校正的使用》中建议使用BLYP-D3(BJ)方法计算柔性大体系构象、大体系之间相互作用。  有没有相关文献证明这个方法应用在大体系中的精度仍可接受。谢谢老师！

我持一些不同的态度（能力有限仅作为一些讨论）：

先做些假设，如对于一个确定的具有两个片段的体系，采用的是GD2或GD3这些经验校正方式：
(1)在真空中的相互作用在DFT-GD2或GD3下相互作用可以分为两个部分，一部分通过SCF得到（SCF中包含一部分色散，但可能不合理），另一部分则来自于色散校正；
(2)加上了溶剂化，DFT-D仍然分为SCF和-D校正得到的两部分能量，因为考虑了溶剂化，SCF的部分包含的色散作用会有一定的变化，溶质和溶剂的色散作用原则上被包含在溶剂化模型中，但需要注意的是-D的部分与电子态无关，这个时候-D校正的能量与真空下计算的结果无差别。

这时候问题就来了，因为分子在溶剂中与溶剂发生相互作用原则上极化率会发生变化，简单根据London公式进行估计色散作用也应发生变化，如果采用DFT-D原有的参数可能无法体现这种趋势（从理论上说可能得调整C6这个参数）。可能采用极化率自洽的色散修正方式（如TS）或是能够较好描述弱作用的泛函如M06-2X再结合溶剂化，这样结果更加合理。

DFT-D是个好东东，简单高效。
另外你可以试试gamess-US-64，可以用b3lyp-d。
当然，首选sob老师的建议

好多帖子都涉及色散校正
乱谈DFT-D
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DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

分子间相互作用计算没必要非得用B3LYP-D3，用D.01之前版本就支持的M06-2X也能达到很好效果。


我并不清楚A和B的复合物具体是什么相互作用维持的，如果是静电为主，那么B3LYP基本没问题。

至于是每个分子单独计算吉布斯自由能，还是按照复合物来计算吉布斯自由能，这看情况而定，哪个都不能说是错的，意义不一样而已。如果是每个分子单独来计算，B3LYP就更没问题了。