sobereva 发表于 2025-3-25 00:28 好的，谢谢sob老师 |
science_6 发表于 2025-3-24 21:25 gmx 2021起就支持了 Berendsen压浴没什么毛病，只是用于产生相容易被较真审稿人bb PR压浴只适合产生相，而时常有人发现产生相改用PR后出现异样，还不如一直用Berendsen c-rescale很理想、最普适，但提出晚，一些审稿人对其还不了解，文章里可以解释一下用它的理由，免得被问为什么不用PR |
牧生 发表于 2025-3-24 21:01 那我还是用P-R压浴吧，不清楚服务器的gromacs2022.6版本能不能适配C-rescale压浴  |
本帖最后由 牧生 于 2025-3-24 21:03 编辑 science_6 发表于 2025-3-24 20:18 Berendsen比较过时了，现在主流是P-R，但是C-rescale则是未来几年的主流 至于审稿人会不会揪着Berendsen不放，要看运气了。如果我是审稿人，我会放过这一次，但建议以后改用更好的。 |
本帖最后由 science_6 于 2025-3-24 20:20 编辑 sobereva 发表于 2019-4-17 13:00 sob老师好，请问已经到了2025年产生相如果继续用Berensden压浴的话，盲审的话审稿专家会纠着压浴这一点不放吗？或者说现在这两年产生相一般都是常用的是P-R压浴吗？ |
肥力丝 发表于 2024-7-21 09:09 本来就该这样用 说明一开始的膜面积明显偏大 |
sobereva 发表于 2019-4-17 13:00 请问老师，我在模拟一张细胞膜，在NPT平衡过程中，首先使用P-R但是会报告段错误，然后我更改了先使用Berendsen运行10ns，然后使用P-R，不会报错，但是盒子变小了三分之一，请问老师这样更改会影响结果可以和直接用P-R压浴的结果对比吗？谢谢老师。 |
一条君 发表于 2020-10-3 00:00 目的和意义不同 |
sobereva 发表于 2019-4-17 13:00 请问老师，如果产生相也用Berensden压浴，那和平衡相有什么区别呢，除了培训例子eq.mdp里退火外，只是多跑了几纳秒吗 |
yihanxu 发表于 2019-11-7 06:30 影响不大。一般我用0.5 ps |
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sobereva 发表于 2019-5-9 20:25 老师，请问用Berendsen 压浴的时候（算平衡相的时候）tau_p也是有随意性且对结果的影响很小吗？比如用个较大点的tau_p值tau_p = 1.0是可以的吧. 谢谢。 |
yihanxu 发表于 2019-5-9 10:02 很小，而且有随意性 这只不过是控制压浴的强度而已，参数差个一星半点，也就是微观波动程度会有所不同，从最终统计结果上看看不出多大差异 |
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| + 5 | 谢谢 |
sobereva 发表于 2019-5-8 19:02 谢谢老师。您的意思是在能算的情况下，tau_p的值对计算结果影响很小吗？可以请教一下为什么这对结果影响很小吗，怎么理解？ |
yihanxu 发表于 2019-5-8 06:12 可以。这对结果影响很小 |
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| + 5 | 谢谢 |
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