VMD和GROMACS分析胶束数量求助

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发布时间: 2019-4-25 10:53

大家好，我想请教个问题啊。我用GROMACS跑完模拟，然后观察发现体系里有胶束一样的聚集体生成，我想统计一下这些胶束的数量，请问怎么用GROMACS或VMD实现呢？我做了以下尝试： 1. 用GROMACS的clustsize模块，用的 ...

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chuxuedexiaobai 发表于 Post on 2023-9-20 20:49:09

同遇到这个问题，只得到团簇数量和原子数，得不到团簇中的分子数

hanmuhua 发表于 Post on 2023-7-18 08:57:13

xinyanli 发表于 2022-9-26 10:33
想问下您最后是如何得出的呢？我使用-mol或者被统计那类分子的索引文件，结果都是整体体系全是一个团簇

你好，想请教一下，这个命令得到的avclust.xvg的纵坐标是团簇分子的个数还是尺寸呀？

脏脏阳 发表于 Post on 2023-6-13 23:06:21

同样在用clustsize算簇大小时遇到了问题：Fatal error:
Lo: 0.000000, Mid: 1.000000, Hi: 1.000000 有人解决了吗

xinyanli 发表于 Post on 2022-9-26 10:33:18

Yolanda小雯雯发表于 2020-3-10 11:57
这个问题我也出现了，我感觉报错的原因可能是用-mol命令不能准确的识别xtc文件和tpr文件里面哪些原子组成分 ...

想问下您最后是如何得出的呢？我使用-mol或者被统计那类分子的索引文件，结果都是整体体系全是一个团簇

Yolanda小雯雯 发表于 Post on 2020-3-10 11:57:41

这个问题我也出现了，我感觉报错的原因可能是用-mol命令不能准确的识别xtc文件和tpr文件里面哪些原子组成分子。所以我没用-mol而是用了索引文件，索引文件是索引被统计的那一类的分子。最后得出的数据就是团簇中的原子数目和原子编号。不过我也想只用-mol就能统计团簇分子数目的办法。期待高人继续解答

参与人数 Participants 1	eV +1	收起理由 Reason
Flander258	+ 1	谢谢

naoki 发表于 Post on 2020-1-6 20:42:32

LuckyLynn 发表于 2020-1-6 15:43
对的，但是我这个就是要算出胶束的尺寸大小。不管是单机运行gmx还是并行运行，都会出现同样的错。

这个嘛等高人解答吧恕我无能

LuckyLynn 发表于 Post on 2020-1-6 15:43:38

naoki 发表于 2020-1-6 15:20
没解决，最后我没计算胶束数量和尺寸，看你也做离子液体胶束啊。

对的，但是我这个就是要算出胶束的尺寸大小。不管是单机运行gmx还是并行运行，都会出现同样的错。

naoki 发表于 Post on 2020-1-6 15:20:17

LuckyLynn 发表于 2020-1-6 15:13
请问，你上面的问题解决了吗？我在用clustsize算簇大小时遇到了同样的问题：Fatal error:
Lo: 0.000000, M ...

没解决，最后我没计算胶束数量和尺寸，看你也做离子液体胶束啊。

LuckyLynn 发表于 Post on 2020-1-6 15:13:18

请问，你上面的问题解决了吗？我在用clustsize算簇大小时遇到了同样的问题：Fatal error:
Lo: 0.000000, Mid: 1.000000, Hi: 1.000000

naoki 发表于 Post on 2019-5-3 10:07:20

emm…还是没搞定，求帮助 >_< @Sobereva

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