用vega ZZ实现这个也很容易

sobereva 发表于 2015-6-26 14:39
在开头用CRYST1字段定义盒子尺寸，比如
CRYST1   68.249   68.249   68.249  90.00  90.00  90.00 P 1   ...

好的，谢谢sob老师

xxj9618 发表于 2015-6-26 14:14
请问sob老师，这个a.pdb里面包含盒子尺寸信息是如何做到的，万分打扰了

在开头用CRYST1字段定义盒子尺寸，比如
CRYST1   68.249   68.249   68.249  90.00  90.00  90.00 P 1           1
ATOM      1  N   GLY X   1      41.960   7.950  31.130  0.00  0.00            
ATOM      2  H1  GLY X   1      41.800   7.950  30.140  0.00  0.00            
ATOM      3  H2  GLY X   1      42.900   8.210  31.340  0.00  0.00   

sobereva 发表于 2015-6-21 02:46
设晶胞并复制延展的话，和用MS或者genconf实现其实就一样了。倒用不着packmol

请问sob老师，这个a.pdb里面包含盒子尺寸信息是如何做到的，万分打扰了

嗯，谢谢Sob老师的解答

ruanyang 发表于 2015-6-19 18:06
Sob 老师，packmol 应该是可以的，我们可以按照固定的距离设置一个unit cell，然后向楼上所说的扩展成超晶 ...

设晶胞并复制延展的话，和用MS或者genconf实现其实就一样了。倒用不着packmol

真的是万分感谢

Sob 老师，packmol 应该是可以的，我们可以按照固定的距离设置一个unit cell，然后向楼上所说的扩展成超晶包，应该可行吧！

用MS可以建简单立方周期盒子，扩展成超胞，再去掉周期性即可，屡试不爽。

packmol印象中做不到这一点，只能是限定个空间范围，在里面随机排布
你用gromacs里的genconf工具可以实现目的，比如genconf -f a.pdb -o b.pdb -nbox a b c代表将a.pdb向三个方向平移复制a/b/c次得到b.pdb。注意a.pdb里得包含盒子尺寸信息。

ruanyang 发表于 2015-6-18 16:58
可以使用packmol实现，http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/ ,输出为pdb格式，这样MS就可以打开了

谢谢啊，我去学习一下看看

可以使用packmol实现，http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/ ,输出为pdb格式，这样MS就可以打开了