请问如何将amber计算轨迹后的每一帧都叠加到一张图里面

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发布时间: 2019-4-26 09:16

在公社的帮助下已经解决了MD的运行和设置问题，谢谢大家的帮助。这里有个新的问题。最近期再做小分子在不同突变酶里面的模拟，得到了结果。想把2ns的模拟结果的轨迹叠加在一起。请问有软件可以实现这个功能吗？ ...

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sobereva 发表于 Post on 2019-4-27 01:22:09

delbert 发表于 2019-4-26 11:12
您好：
我并没有参见GROMACS的培训班，今年才接触的MD，赶不上6月的培训。
这个是VMD软件吗？能说的再 ...

显然是

delbert 发表于 Post on 2019-4-26 11:12:12

sobereva 发表于 2019-4-26 10:57
“两种不同的分子构型”指代不明
如果你是指出现了两种构象，用对某个特征性的几何参数绘制随时间变 ...

您好：
我并没有参见GROMACS的培训班，今年才接触的MD，赶不上6月的培训。
这个是VMD软件吗？能说的再具体一些吗
谢谢

sobereva 发表于 Post on 2019-4-26 10:57:35

“两种不同的分子构型”指代不明
如果你是指出现了两种构象，用对某个特征性的几何参数绘制随时间变化的图像，或者进行分布统计来说明这点。或者对小分子进行叠合（align）后，把所有帧叠加到一起显示也可以体现

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