你可以把小分子放到你预计会出现的蛋白内部区域，然后跑动力学，最后小分子喜欢怎么结合，一分析轨迹自然就清楚了

Yoghurt 发表于 2019-4-27 17:53
谢谢回复。由于这个体系没有活性位点的报道，所以我把盒子设置的很大，把整个蛋白包裹，结果对接以后小分 ...

如果不知道活性位点的确就比较尴尬了。。。

box就是限制它小分子对接的取样范围，然后在这个范围中对接并筛选结合最好的构象，如果你把box范围设置的很大就会导致采样空间巨大，不知道你是取了多少构象。。。那么大的采样空间可能几百几千个都不够。

我一般都是知道蛋白质的催化位点的，而且一般蛋白质也有底物口袋，比较好对接。如果你这样的话建议先推测（化学直觉，或者同源建模的位置）若干个可能的对接位置，然后用小box限制在那个位置做对接（我看你这个小分子和对接的片段都不大，可以多采点样）。

毕竟我也只是学过一点点，平时大多用的是已知结合位点的做对接。你这个情况我也不保证我说的一定对，但我觉得可以一试，希望有帮助吧（万一sob老师过来打我的脸给自己一个台阶下，逃~

DoubeeTwT 发表于 2019-4-27 17:12
不是很清楚的的体系是什么样子的，我主要做小分子对接大蛋白用Autodock
我记得其中有一步是选择对接口袋的 ...

谢谢回复。由于这个体系没有活性位点的报道，所以我把盒子设置的很大，把整个蛋白包裹，结果对接以后小分子只出现在了蛋白表面附近，没有成键，相互作用也很小 。
请教一下，初始体系中小分子和蛋白需要靠近吗？
你说“box的位置是不是在小分子的内部”，为什么要设置box在分子上呢？不是应该box建立在蛋白上，不管小分子离蛋白多远都能自己进入盒子吗？
谢谢

不是很清楚的的体系是什么样子的，我主要做小分子对接大蛋白用Autodock
我记得其中有一步是选择对接口袋的位置（box），不知道你的box的位置是不是在小分子的内部？（也许你就默认了那个0,0,0的初始位置没有改动，或者box给的体积太大了）