sobereva 发表于 2019-5-12 10:19
你的图我看不清楚
如果跑到底下的是跑到了下方分子的中间去，说明下方分子排列不够致密
如果是跑到了下方 ...

感谢老师的悉心指点

你的图我看不清楚
如果跑到底下的是跑到了下方分子的中间去，说明下方分子排列不够致密
如果是跑到了下方分子低端，那应当是由于PBC条件所致（具体通过轨迹考察）

你的体系里没有两头都跨越盒子的分子，用periodic-molecules=yes毫无意义。培训班例子里那种诸如无限延展的石墨烯才需要用这个

gro里设速度就行。但是如果你用了控温，实际速度就不会和你预设的一致。

sobereva 发表于 2019-5-4 17:08
rvdw再设大点，初始结构间距摆小点，控温温度设低点再试

感谢sob老师的指点，我按照您给的建议，继续尝试，但跑完仍有分子跑到底部和顶部去，我在VMD中打开Z方向的镜像看了下，结果发现有成键，请问老师这该怎么处理呢？是添加periodic-molecules=yes(已在尝试） ?对于这句话"One host or emitter molecule was deposited every 100 ps within a 2 nm height from the top of the relaxed substrate or previously deposited
molecules."分子相当于以0.02 nm/ps沉积到基底去，这是怎么做到的呢？我参照咱们培训班的教材中的一个例子（金原子撞击金板），给所有要沉积分子（原子）添加速度矢量（0.0000  0.0000 -0.0200），跑完还是没有全部沉积到基底表面，学生学艺不精，还请老师指点一二。

rvdw再设大点，初始结构间距摆小点，控温温度设低点再试