sobereva 发表于 2022-4-13 04:45 非常感谢sob老师！ |
mol 发表于 2022-4-12 17:00 看此文 基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图 http://sobereva.com/639（http://bbs.keinsci.com/thread-28913-1-1.html） |
sobereva 发表于 2022-4-12 16:58 酱紫，那像这种情况有比较好的处理方法吗 |
mol 发表于 2022-4-12 16:44 chg文件不包含波函数信息，所以12-0之后没法正常产生分子表面 |
sobereva 发表于 2022-4-11 18:46 sob老师好，输入文件是chg文件，2786个原子，包括四列，原子名，x,y,z,charge。 muliwfn3.8中依次输入： 12 0 产生以上错误信息 |
mol 发表于 2022-4-11 10:20 说明具体用的输入文件，以及怎么操作的 |
sobereva 发表于 2020-6-27 17:55 sob老师好，最近想用chg文件结合功能5计算分子表面各个静电势区域的面积分布，但是体系较大，2000多原子，出现如下错误，请问有什么好的建议么，多谢。 Spatial range of grid data: X is from 50.1911 to 125.0999 Bohr Y is from 39.0417 to 148.3246 Bohr Z is from 4.2330 to 96.7351 Bohr The number of point in x,y,z: 301 438 371 Total: 48911898 Calculating grid data of electron density... Note: Promolecular approximation is used Note: All exponential functions exp(x) with x< -40.000 will be ignored Progress: [##################################################] 100.00 % / Calculation of grid data took up wall clock time 37 s The number of boundary cubes: 926527 The number of corners of boundary cubes: 1849560 Generating isosurface by Marching Tetrahedra algorithm, please wait... The number of surface vertices (V): 2745878 The number of surface edges (E): 8237514 The number of triangular facets (F): 5491676 V+F-E-2= 38 Warning: V+F-E-2=0 is violated! Probably grid spacing is too large or the isosurface is not closed Volume enclosed by the isosurface:170683.80325 Bohr^3 (********** Angstrom^3) Among all surface vertices: Min-X: 27.2773 Max-X: 65.7392 Angstrom Min-Y: 21.4109 Max-Y: 77.8648 Angstrom Min-Z: 2.8069 Max-Z: 50.7219 Angstrom Eliminating redundant surface vertices... After elimination, V= 830465, E= 2491276, F= 1660850, V+F-E-2= 37 Isosurface area: 38573.07375 Bohr^2 (********** Angstrom^2) Sphericity: 0.3858 Calculating electrostatic potential at surface vertices, please wait patiently Initializing LIBRETA library (fast version) for ESP evaluation ... Intel MKL ERROR: Parameter 8 was incorrect on entry to DGEMM . forrtl: severe (41): insufficient virtual memory |
sobereva 发表于 2021-4-24 11:52 好的，谢谢sob老师 |
JZS12345 发表于 2021-4-24 09:46 主功能5本身是计算静电势格点数据的，即计算一个矩形区域内均匀分布的各个点的静电势。而主功能12才是计算分子表面上各个点的静电势。目的和用处完全不同。 |
| sob老师，您好！请问一下按这种方法（主功能5）计算出来的静电势和主功能12计算出来的表面静电势的异同点在哪里。PS：我现在想从静电势分析两个物质结合的难易程度 |
beidiwu 发表于 2021-4-9 08:48 看不懂你的意思 确保xtb计算时候明确设定了实际的电荷和自旋多重度，并且确保之后Multiwfn载入xtb产生的molden.input文件后屏幕上正确提示了此体系的电荷和自旋多重度 |
| 社长您好，我在尝试用该方法计算离子态有机物，得出的结果似乎丢失了电荷信息。按步骤生成xyz文件，fch文件似乎均按照charge 0, spin 2再进行下一步。请问是哪里出了问题？ |
sobereva 发表于 2020-6-27 17:55 多谢sob老师，用了第二种方法，电荷导入参考了http://sobereva.com/365 |
mol 发表于 2020-6-27 16:30 悬 如果愣算的话，可能需要给很大内存cubegen才能工作 如果你非要算的话，建议先用比如1700原子左右的情况试试水 如果你的体系是一堆分子构成的，且对静电势要求不是特别高，我建议先用Multiwfn对每个单分子产生拟合静电势电荷得到单分子的chg文件，然后拼成整个体系的chg文件，让Multiwfn载入后计算基于原子电荷算静电势，精度基本够了（载入chg文件，然后选择计算的函数那一步选择基于原子电荷的静电势），这样的话几千原子的静电势计算也不是难事。 |
| sob老师您好，请教大概3500原子的聚集体系能算动不。。。 |
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