| PDB如果是蛋白质复合物有多条莲好像会fix的很奇怪，蓝图文件里面无法指定氨基酸链，是不是需要重新将氨基酸残基编号呐？ |
tomwong4253 发表于 2019-5-9 21:22 通过计算模拟后机制解析清晰是不是可以发啊？我们做计算模拟的不就是为了解释实验上观测不到的黑箱问题么？ |
| 想请教一下楼主，蓝图里怎么写可以做到将两个蛋白用linker连接起来呢 |
tomwong4253 发表于 2019-5-9 21:22 因為LOOP flexibility很高..XRAY不容易看到 這不是常識? |
tomwong4253 发表于 2023-2-7 15:34 可以发文章吗 |
xiaoche 发表于 2023-2-1 13:06 即使没有density，只要不是说长到几十个的缺失，Coot也可以根据Ramachadran限制大概给出一个结构，结合二级结构预测的结果，自己再简单修一下，也不是不能用。 |
tomwong4253 发表于 2019-5-17 12:00 可是如果本身数据质量就不好，loop区看不清楚电子密度，coot就不可以了。这种情况只能建模 |
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该用哪个工具聚类分析啊 |
tomwong4253 发表于 2019-5-17 12:00 Coot对loop区缺失氨基酸序列的长度有要求吗？我的蛋白结构里有几段各自长度10-20不等的氨基酸残基序列的缺失，用Coot能解决吗？ |
| 做过结构解析的都知道Coot，对于这种loop缺失的修补不要太简单，而且所见即所得，自己想咋调就咋调，你可以了解一下。 |
本帖最后由 kunkun 于 2019-5-31 22:09 编辑 tomwong4253 发表于 2019-5-13 10:35 我之前指的RMSD的是通过建模之后loop的CA与晶体中CA的RMSD(测试组)。这个RMSD只是用于比较loop建模方法精度的一个指标(可靠度)，修补PDB loop的应用主要是指中短链的Loop结构的建模（柔性相对比较小）。并非我们模拟过程中RMSD，此处PDB修复的目的是为了提供一个比较合理的初始构象做后续的分析和设计处理。 |
| 我碰到这种情况，用结构生物学里的Coot软件修一修就足够了，还能顺便调一下Ramanchandran。比Rosetta这种“重型武器”方便多了。 |
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哦哦，了解你说的问题了。我理解错了，还以为你说的是类似酶促反应，蛋白互作之类的“关键位置”呢。 确实，对于抗体设计来说，飘出去的loop恰恰起到了抗原的作用，对于抗体ab inito设计是必不可少的。 但是你有一条我说的不太理解：你说的RMSD是与晶体结构对比还是说的自身模拟过程中的涨落？loop本身柔性就不小，建模后模拟即使RMSD大的多也不能说建模失败啊，跑跑MD算算RMSF其实大家的柔性也差不到哪去啊。loop与晶体结构接近并不能作为loop建模是否“完美”的一个证据吧。这和刚性结构建模是不一样的。 |
sobereva 发表于 2019-5-9 21:22 好的 老师，我现在修改  |
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