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经验之谈，如何解决：Out of range atoms - cannot compute PPPM

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SherryLiu

发布时间: 2019-5-15 06:11

正文摘要:

本帖最后由 SherryLiu 于 2019-11-5 06:59 编辑最近刚开始学习LAMMPS，遇到 Out of range atoms - cannot compute PPPM 问题时，不知道是什么原因，在网上也找不到有效的解决办法。一般的经验之谈是减小步长，和 ...

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桐桐桐 发表于 Post on 2024-6-14 21:30:24

ljlljl2023 发表于 2024-5-25 17:37
你看看16楼的方法行不行呢

谢谢您的回复，我没明白怎么先用Ewald跑，或许您可以说的更详细些吗

ljlljl2023 发表于 Post on 2024-5-25 17:37:29

桐桐桐发表于 2024-5-16 20:19
我的代替不了，显示ERROE:Pair style requires a kspace style，请问有人知道怎么回事吗

你看看16楼的方法行不行呢

KCM@SHU 发表于 Post on 2024-5-25 11:58:08

老师您好，我想问一下您说的没有平衡之前不用kspace_style pppm,假如我用NVT系综跑平衡，用NVP系综跑模拟，那我是在NVT的时候不设置kspace_style pppm吗？然后NPT的时候设置，还是老师您的意思是每个系综都要先跑一段时间后等系综平衡了再加kspace_style pppm呢？

桐桐桐 发表于 Post on 2024-5-16 20:19:11

我的代替不了，显示ERROE:Pair style requires a kspace style，请问有人知道怎么回事吗

ilovelr 发表于 Post on 2023-12-19 12:10:17

我也遇到这个问题，我先用ewald跑一段时间，再用pppm跑就不会报错了

Deathaliveone 发表于 Post on 2022-5-30 17:32:23

万分感谢，我的模型因为晶胞的单体分子比较大，初始弛豫一直这样报错，成功解决了，谢谢

tuzhidingdong 发表于 Post on 2022-4-21 20:42:47

It happens when your atoms move too far and cannot be mapped onto the portion of the PPPM grid owned by a processor. Could be you aren't reneighboring often
enough. Could be your dynamics is bad and atoms are moving too far.

731784671 发表于 Post on 2021-10-24 13:55:33

本帖最后由 731784671 于 2021-10-24 13:56 编辑

我尝试了一下楼主的办法，没有成功。分享一下我找到的一种解决办法，扩大neighbor bin的大小，我是把2.0改到3.0之后可以正常跑了，
参考网址：https LAMMPS / Re: [lammps-users] out of range atoms - cannot compute PPPM (sourceforge.net)

星星没有九十九 发表于 Post on 2021-5-12 10:12:51

感谢分享

paplika 发表于 Post on 2021-3-18 19:59:58

谢谢！我建模遇到的问题终于解决了！

SherryLiu 发表于 Post on 2020-5-15 03:40:41

RockyYoung 发表于 2020-5-13 16:05
楼主你好，lampps里长程力处理如pppm等，在盒子距离内的力，用potentials计算，超出盒子距离的力，采用傅立 ...

Sorry, I do not know. 你说的好复杂啊，我也不太了解。不过好像是可以在预平衡时候不计算长程力以节省计算成本，但具体有何影响，我就不知道了。

RockyYoung 发表于 Post on 2020-5-13 16:05:15

楼主你好，lampps里长程力处理如pppm等，在盒子距离内的力，用potentials计算，超出盒子距离的力，采用傅立叶转化在倒空间中计算，在预平衡不计算长程力对结果有影响么？

oldniuniuslober 发表于 Post on 2020-3-31 13:29:02

以前经常遇见这个问题只知道可能是构型的不合理，受教了

兽兽果 发表于 Post on 2019-11-21 09:02:03

Sherry,你好，我是小白一个，最近开始学习分子动力学模拟。想向你请教个问题~用lammps提交任务的时候，仅仅是做个npt平衡，任务运行中，没有出现error却自动终止了，我想请问下你出现过这种情况吗？问题出在哪里呢？

SherryLiu 发表于 Post on 2019-10-4 02:43:04

梁猫头123 发表于 2019-9-26 19:44
你好，我也遇到了同样的问题，既然kspce +coul /cut 和coul /long效果相同，为什么在没平衡之前不使用kspac ...

我也不知道

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