卡开发发 发表于 2019-5-20 11:21
能算。电子能量就是构型优化后SCF的得到的能量；振动贡献由声子计算得到，这个过程不管用CASTEP还是VASP ...

请问我用Dmol计算，直接导入一个Fe块体，几个优化除以原子个数，请问这样是否可行？

huangtf 发表于 2022-1-10 22:27
老师，您好！这样理解：可以使用VASP来计算SCF和振动，在INCAR文件中设置IBRION = 5; POTIM = 0.015; NFR ...

理解没问题，操作的话Phonopy官网上面有说法你可以自己研究下。Phonopy应该并非只能针对线性响应的方法处理声子（IBRION=6 or 8），使用IBRION=5 or 7也可以；另一种方式是有限差分所产生的原子位移又Phonopy产生，Phonopy会去读取这些原子位移后的晶胞以及其受力来进行差分，本质上同IBRION=5一样。需要注意的是上述几种方法对于小的晶胞都要做扩超晶格处理。

卡开发发 发表于 2022-1-7 22:24
可以，按道理可以结合一些第三方的程序来分析热化学数据，例如Phonopy。

老师，您好！这样理解：可以使用VASP来计算SCF和振动，在INCAR文件中设置IBRION = 5; POTIM = 0.015; NFREE = 2。然后，用Phonopy（第三方的程序）对VASP的输出文件进行后处理，来获得热化学数据（化学势）。老师您看我理解的有问题吗？  谢谢老师！

huangtf 发表于 2022-1-7 21:26
请问老师，对于楼主的Yb, Na, Zr晶体，为了获得化学势（平均每个原子的吉布斯自由能），用VASP（设置IBRI ...

可以，按道理可以结合一些第三方的程序来分析热化学数据，例如Phonopy。

卡开发发 发表于 2019-5-20 11:21
能算。电子能量就是构型优化后SCF的得到的能量；振动贡献由声子计算得到，这个过程不管用CASTEP还是VASP ...

请问老师，对于楼主的Yb, Na, Zr晶体，为了获得化学势（平均每个原子的吉布斯自由能），用VASP（设置IBRION = 5; POTIM = 0.015; NFREE = 2，详见http://bbs.keinsci.com/thread-12597-1-2.html）来算SCF和振动，可以吗？  谢谢！

卡开发发 发表于 2019-5-20 16:01
一般挑稳定相作为参考，如F原子这些非金属则参考F2气体。

老师，您好！想请教一下：计算酞菁铁形成能的时候涉及到了N、H、C的化学势进行加减，利用Dmol3软件，C用的是C在石墨烯中化学势，从MS库里直接导出了石墨烯，由于其本身带了盒子，现在想问
1.C的化学势能不能用石墨烯的能量除以C的个数？
2.利用N2和H2算N、H化学势的时候需不需要将N2、H2放在和上述1中石墨烯一样大的盒子里,因为涉及到几种元素化学势的加减？
3.额外再问一下关于Fe的化学势，Dmol3求出单晶胞Fe的能量除以原子个数行吗？但是发现Fe原子有的在盒子的面上，有的在角上，直接除会不会有影响。

用castep计算化学势，能分享一下计算方法吗？vasp和castep计算出来的能量也不同，化学势会不会不同

下午茶 发表于 2019-5-21 08:15
请问足够大是多大呢？

收敛性测试确定。通常采用Markov-Payne之类的修正可以有效降低格子大小，可以使测试迅速收敛。

granvia 发表于 2019-5-20 23:02
图片中的英文表达感觉有点问题

请问你感觉哪里有问题呢？

卡开发发 发表于 2019-5-20 16:23
电中性体系足够大的盒子足以模拟非周期边界条件情形。

请问足够大是多大呢？

下午茶 发表于 2019-5-20 15:48
请问我在算化合物的时候 文献里不可能给出其中的某一种单质的参数，如果一种元素单质有多种结构 ，我们应 ...

图片中的英文表达感觉有点问题

下午茶 发表于 2019-5-20 16:09
放格子里不就是给了它周期性边界了吗

电中性体系足够大的盒子足以模拟非周期边界条件情形。

卡开发发 发表于 2019-5-20 11:21
能算。电子能量就是构型优化后SCF的得到的能量；振动贡献由声子计算得到，这个过程不管用CASTEP还是VASP ...

放格子里不就是给了它周期性边界了吗

下午茶 发表于 2019-5-20 15:48
请问我在算化合物的时候 文献里不可能给出其中的某一种单质的参数，如果一种元素单质有多种结构 ，我们应 ...

一般挑稳定相作为参考，如F原子这些非金属则参考F2气体。