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快速绘制高清LOL-pi等值面图

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发布时间: 2019-5-19 22:37

正文摘要:

本帖最后由 exity 于 2019-5-21 09:18 编辑 更新@2019/5/21 昨天有人问我,用VMD来绘制这种图固然很好很漂亮,但是我之前做图都是用GV做的,为了保证前后的一致性,能不能用GV来画这种图,我摸索了一下,发现GV ...

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exity 发表于 Post on 2019-5-21 15:44:08
sobereva 发表于 2019-5-21 15:22
输入文件是我原来的帖子里的
绘图脚本是我完全自己写的
格点数据是我重算的

误会,误会,社长威武!!!
sobereva 发表于 Post on 2019-5-21 15:22:09
exity 发表于 2019-5-21 15:06
确实吊打!!!
话说你怎么会有我的文件?顺,顺手算了一个嘛

输入文件是我原来的帖子里的
绘图脚本是我完全自己写的
格点数据是我重算的
exity 发表于 Post on 2019-5-21 15:06:21

确实吊打!!!
话说你怎么会有我的文件?顺,顺手算了一个嘛
Aristotler 发表于 Post on 2019-5-21 10:52:40
exity 发表于 2019-5-21 08:22
VMD不自带,我上传的VMD文件夹里包括了一个高清的.bat,名字叫 highresolution.bat

感谢感谢
Aristotler 发表于 Post on 2019-5-21 10:52:29
sobereva 发表于 2019-5-21 01:56
没有

自行写.bat调用Tachyon渲染出的图像的分辨率想要多大就可以设多大,此文1.4节说了

好的,老师,谢谢
sobereva 发表于 Post on 2019-5-21 10:16:18
吊打GaussView

exity 发表于 Post on 2019-5-21 08:22:33
Aristotler 发表于 2019-5-20 21:49
VMD 里有提供制作高清图的*.bat 吗?

VMD不自带,我上传的VMD文件夹里包括了一个高清的.bat,名字叫 highresolution.bat
sobereva 发表于 Post on 2019-5-21 01:56:57
Aristotler 发表于 2019-5-20 21:49
VMD 里有提供制作高清图的*.bat 吗?

没有

自行写.bat调用Tachyon渲染出的图像的分辨率想要多大就可以设多大,此文1.4节说了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html
Aristotler 发表于 Post on 2019-5-20 21:49:45
VMD 里有提供制作高清图的*.bat 吗?
exity 发表于 Post on 2019-5-20 05:59:18
sobereva 发表于 2019-5-20 02:59
如果想绘制像这种体系的平面上方比如1埃的平面图,可以用下文提到的alignplane脚本先使得某个环平行于XY平 ...

谢谢社长提供的新方法
昨天我还实验了另外一种方法,就是用GV读取对应out文件后另存为一个新的gjf,然后复制一个平行苯环,手工调整在大约离要考察的苯环上方1angstorm的地方,然后保存用TXT打开读取新苯环上的三个原子坐标,在multiwfn里用“三个点确定面”的方法,我脑补了很多次,理论上说应该完全可以实现但是都失败了不知为何。
sobereva 发表于 Post on 2019-5-20 02:59:15
如果想绘制像这种体系的平面上方比如1埃的平面图,可以用下文提到的alignplane脚本先使得某个环平行于XY平面
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178

然后算一次单点得到波函数文件。算的时候加上nosymm,并且用guess=read从之前的chk里直接读取初猜,这样跑一轮迭代就能收敛,基本没有耗时。

之后,用得到的波函数文件,绘制平面上方1埃的平面图就直接用http://sobereva.com/432的方法就行了

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