计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 波函数分析与Multiwfn (Wavefunction Analysis & Multiwfn) › 在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法

在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法

查看数: 27260 | 评论数: 16 | 收藏 Add to favorites 21

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

sobereva

发布时间: 2019-5-21 12:20

正文摘要:

在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法Easily drawing a cube file as an excellent isosurface map in VMD 文/Sobereva@北京科音 2019-May-21 1 前言 Multiwfn（http://soberev ...

回复 Reply

Vincentears 发表于 Post on 2023-5-17 20:42:46

sobereva 发表于 2023-5-16 20:49
当前格点数据文件以什么单位记录的函数，isovalue就是什么单位。Multiwfn产生的cube文件基本都是a.u.（除 ...

感谢感谢！

sobereva 发表于 Post on 2023-5-16 20:49:35

Vincentears 发表于 2023-5-16 16:13
sob老师，学生想请教一下这里的isovalue的值单位是什么？

当前格点数据文件以什么单位记录的函数，isovalue就是什么单位。Multiwfn产生的cube文件基本都是a.u.（除了范德华势等极个别的）

Vincentears 发表于 Post on 2023-5-16 16:13:34

sob老师，学生想请教一下这里的isovalue的值单位是什么？

annaqz 发表于 Post on 2021-5-11 09:30:02

sobereva 发表于 2021-5-10 13:37
默认方式安装VMD的话，Linux下Tachyon渲染器为/usr/local/lib/vmd/tachyon_LINUXAMD64。后面接的参数和wi ...

好的，那我试试。谢谢社长！

sobereva 发表于 Post on 2021-5-10 13:37:39

annaqz 发表于 2021-5-10 12:23
请教一下社长，在linux下的vmd里，想通过VMDrender_full.bat渲染LOL-pi的格点数据文件，应该怎么修改？wind ...

默认方式安装VMD的话，Linux下Tachyon渲染器为/usr/local/lib/vmd/tachyon_LINUXAMD64。后面接的参数和windows下一样

annaqz 发表于 Post on 2021-5-10 12:23:26

请教一下社长，在linux下的vmd里，想通过VMDrender_full.bat渲染LOL-pi的格点数据文件，应该怎么修改？windows下此文件前面是tachyon_WIN32.exe。

sobereva 发表于 Post on 2021-3-9 04:23:21

破晓时的曙光发表于 2021-3-8 15:06
请教一下老师，我在制作电子空穴图时，修改原子的颜色，用VMD的Graphics-Colors，选择Element修改原子颜色 ...

representation界面里弄清楚当前coloring method按照什么来着色，相应地在graphics - colors改相应条目就完了

破晓时的曙光 发表于 Post on 2021-3-8 15:06:41

请教一下老师，我在制作电子空穴图时，修改原子的颜色，用VMD的Graphics-Colors，选择Element修改原子颜色，发现用了脚本之后，原子颜色不能改，这个该怎么办呢

84015917 发表于 Post on 2020-10-10 19:23:51

sobereva 发表于 2020-10-10 01:10
tachyon渲染一下就解决了

感谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2020-10-10 01:10:34

84015917 发表于 2020-10-4 15:54
在绘制电子空穴分布图时，会有这样子不光滑的情况是因为什么？

tachyon渲染一下就解决了

84015917 发表于 Post on 2020-10-4 15:54:45

在绘制电子空穴分布图时，会有这样子不光滑的情况是因为什么？

1.png (49.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 95)

在右边部分

sobereva 发表于 Post on 2019-5-23 00:40:58

captain 发表于 2019-5-22 20:56
大神在这里
将此文件挪到VMD目录下，启动VMD，直接输入orb spindensity 0.01
orb 应该改成 cub 吧！

对，笔误，已改

captain 发表于 Post on 2019-5-22 21:09:31

我发现 full.bmp vmdscene.dat 等文件要点击 “兼容性文件” 才能显示出来
不知道大家是不是也是这样

captain 发表于 Post on 2019-5-22 20:56:03

大神在这里
将此文件挪到VMD目录下，启动VMD，直接输入orb spindensity 0.01
orb 应该改成 cub 吧！

sobereva 发表于 Post on 2019-5-22 03:16:39

exity 发表于 2019-5-21 16:17
个人感觉如果VMD能增设一个原子编号和符号的功能，GV在出图方面真的是完全没有存在之必要了。

这个重要的功能VMD一直也没有，是很不应该的事。目前还是得靠自行ps

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register