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碱基对双自由基性质研究中困惑,请大家帮忙看下是否有错误,谢谢!

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发布时间: 2015-6-25 14:30

正文摘要:

之前问过相关问题,怕在之前帖子下会看不到,发新帖咨询下前辈,请多多指教!过了小半年还来问这个问题,因为中间耽搁,加上实验室的计算资源真的很弱,M06都带着吃力。 最近实验室服务器能用M06计算了,就又回到这 ...

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sobereva 发表于 Post on 2015-6-25 18:05:29
还是没搞明白。
沿着某个振动模式去做势能面扫描,看三个态的能量变化,作成曲线图,这样会很直观,内容也更丰富
珠珠 发表于 Post on 2015-6-25 17:32:52
通过振动模式下位移得到一些不同的构型,讨论振动频率影响下构型的双自由基性质。
sobereva 发表于 Post on 2015-6-25 17:24:21
为什么要根据振动模式做位移?意义何在?
分别对三个态做优化,比较最后能量高低不就行了?
珠珠 发表于 Post on 2015-6-25 16:47:03
之前做的像NICS有给他看,想征询他的意见但是boss只是说我怀疑你不懂,我怀疑你算的结果,你为什么要自己找这些。感觉他就想让我用之前实验室中采用的分析方法,说出个“本质”的东西说出个别的花样。可能我太low了一直不理解,文献看的也比较少,想到的都被否定,直接说浪费他资源就更乱了。
珠珠 发表于 Post on 2015-6-25 16:38:34
表述太差了。见谅。 我就是单点计算了一系列在标准朝向坐标基础上位移后形成的不同结构。
比如,H2标准坐标为1,2,3  ,算freq后把log中的位移值  0.1  -0.5  0.2 加上,得到新的坐标1.1   1.5   3.2 算这个振动模式下的单点
                            2,1.5 4                                      0.02   0.3  0.01                          2.02  1.8  4.01


  现在就是不知道EBS、ECS、ET三种能量态的差别是否合理,怎么去理解。只是围绕它的磁性特征来考虑,boss要求的主要考虑铁磁性、反铁磁性。因为boss让我去发现来描述分析磁性特征的新参数,一直没有找到合适的。您提到的这些讨论点中有几个我在汇报中向我的boss提到过他给pass了,但是相关计算我都有算。
sobereva 发表于 Post on 2015-6-25 16:00:35
说了一大堆没搞清楚你的重点和目的。标准朝向、按照振动模式进行位移,我不清楚你为什么要提这些。

这种体系用波函数分析能讨论一大堆,静电势、AIM、环电流、NICS、原子电荷、密度差、平均局部离子化能、福井函数、电负性/软度/硬度/IP/EA等等,以及相互作用能、振动频率、极化率等等

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