关于粗粒化体系预平衡时出现的问题…

查看数: 9060 | 评论数: 4 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2019-5-23 15:40

本帖最后由路过的一只于 2019-5-24 11:19 编辑在我的粗粒化体系进行能量最小化后，表示出steepest descents did not convergr to Fmax <10 in 1001 steps。我也试过200步结果依然如此…重新做发现在蛋白真空 ...

回复 Reply

路过的一只 发表于 Post on 2019-5-24 09:40:55

sobereva 发表于 2019-5-24 03:55
如果确信结构和top文件没问题，减小步长再试，等跑一段时间相对稳定了可以再改回原来步长

好的！谢谢老师~！

路过的一只 发表于 Post on 2019-5-24 09:15:05

少年爱吃地三鲜发表于 2019-5-23 16:48
你的最小化mdp就是这个？完整的？

这个是预平衡时用的mdp文件，对教程中的例子做了一些数值的修改。

sobereva 发表于 Post on 2019-5-24 03:55:01

如果确信结构和top文件没问题，减小步长再试，等跑一段时间相对稳定了可以再改回原来步长

少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2019-5-23 16:48:30

你的最小化mdp就是这个？完整的？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register