| 感谢楼主分享，原帖文献打不开，是否是 https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jpcb.7b09175 这个? |
| 如果是跑BOMD 100ps左右。精度相比于DFT静态计算和经典力场MD下的效果，会更好吧。这种情况下为了节省算力可以使用（QM/MM方法，水分子使用经典力场，主客体还是考虑电子，从而降低待计算的电子数目） |
tianyongpan 发表于 2019-5-26 10:43 我的专栏有介绍这种方法 https://zhuanlan.zhihu.com/p/60963446 里面提到了几个教程和分析方法，你可以顺着这些链接看下去。 alchemistry只是一种方便计算的热力学途径，分析最后的结合自由能有又很多种方法，包括自由能微扰，热力学积分，MBAR等等。 |
tianyongpan 发表于 2019-5-26 10:43 自由能微扰（FEP）或者热力学积分（TI），你随便一搜就一大堆 |
fhh2626 发表于 2019-5-25 11:40 “主客体相互作用计算的话alchemistry才是标准方法”，请问这种方法有文章讲述嘛，刚接触这一块内容 |
nachtmusik 发表于 2019-5-25 12:31 这个就是经典力场最大的问题，感觉目前也没有什么好办法解决 |
fhh2626 发表于 2019-5-25 12:18 没错，这是APR的缺陷。 一方面需要设定一个足够大的模拟盒子，耗时会增大很多；另一方面，尤其是对于处理蛋白质-配体系统时，牵拉路径未必是简单的直线，而可能要穿过曲折的通道，这种情况下牵拉路径是极难定义的。 |
本帖最后由 nachtmusik 于 2019-5-25 12:44 编辑 fhh2626 发表于 2019-5-25 11:40 已修改 另：我个人做过几例类似主客体体系，使用alchemical方法，也存在对于强键合客体有高估结合自由能的趋势（弱键合客体相对准确）；我觉得这应该是力场问题，尤其是静电能计算方面高估得比例比较大。 |
k64_cc 发表于 2019-5-25 11:55 其实我觉得这个例子的话应该差不多。。。但是如果蛋白质结构比较复杂，配体又插得比较深（好污）的话，pull那一步有点unphysical |
fhh2626 发表于 2019-5-25 11:40 万一数据量堆上来的话应该也差不太多…？ |
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MD作者用的是attach-pull-release方法，不是伞状采样 APR理论上很严谨，但是主客体相互作用计算的话alchemistry才是标准方法，APR能不能代表MD还有待讨论 |
| 正有此疑惑，学习了，谢谢~ |
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