lyj714 发表于 2023-7-11 14:26
最简单的就是tcl中进行半径的修改，参考3楼
http://bbs.keinsci.com/thread-31792-1-1.html

多谢刘老师指教！

Daniel_Arndt 发表于 2023-7-11 14:06
我想做一个实验，就是把VMD中默认的原子的半径等比例地放大到2倍、3倍，看看对于一些官能团的SASA的数值的 ...

最简单的就是tcl中进行半径的修改，参考3楼
http://bbs.keinsci.com/thread-31792-1-1.html

我想做一个实验，就是把VMD中默认的原子的半径等比例地放大到2倍、3倍，看看对于一些官能团的SASA的数值的影响，这个能做到吗？

我一开始想到的解决方案是找到VMD中存储默认的原子半径的文件，然后手动修改。但由于我不大熟悉VMD，就没能做成，因此前来询问。

sobereva 发表于 2020-5-21 08:10
J. Mol. Biol., 55, 379 (1971)这篇里定义的。也没给出为什么，作者就是assume 1.4

多谢！

Daniel_Arndt 发表于 2020-5-19 04:32
我有个纯属好奇的问题，通过VMD计算SASA时，水分子的探针半径1.4，这个数值是怎么得来的？是约定俗成还是通 ...

J. Mol. Biol., 55, 379 (1971)这篇里定义的。也没给出为什么，作者就是assume 1.4

我有个纯属好奇的问题，通过VMD计算SASA时，水分子的探针半径1.4，这个数值是怎么得来的？是约定俗成还是通过什么算法得到的？

sobereva 发表于 2019-5-29 05:48
用Multiwfn做电子密度的盆分析（AIM盆分析），看手册4.17.1节的例子，对盆进行积分的时候会给出各个原子 ...

谢谢老师

alonewolfyang 发表于 2019-5-28 09:03
老师，求某片段体积怎么实现

用Multiwfn做电子密度的盆分析（AIM盆分析），看手册4.17.1节的例子，对盆进行积分的时候会给出各个原子对应的AIM盆体积（要求密度>0.001 a.u.），如下所示。将原子的值加和成片段即是片段对应的体积
The atomic charges after normalization and atomic volumes:
      1 (O )    Charge:   -1.162520     Volume:   134.111 Bohr^3
      2 (H )    Charge:    0.581191     Volume:    21.888 Bohr^3
      3 (H )    Charge:    0.581329     Volume:    21.873 Bohr^3

老师，求某片段体积怎么实现