杜黎小松 发表于 2020-8-18 12:28 您好，请问您知道如何使用ChemTraYzer了吗？网上资料实在很少。 |
Mikasa 发表于 2019-6-3 01:04 你好，请问我从这个网址下载了ChemTraYzer，但是下载下来没有手册和安装说明，你知道如何使用这个开源工具吗？能否赐教？ |
get-it 发表于 2019-6-2 14:00 请问下用gulp的反应力场跑动力学，整个分子全部碎了怎么解决呢，请高手赐教。。 |
Mikasa 发表于 2019-6-3 01:04 中科院他们搞的后处理程序VARxMD，他们好像是卖的，不过具体几万忘了，之前看到过西南科技的学生用他们的程序。 |
AJ86 发表于 2019-6-2 16:11 这些是后处理的要干的事，目前Lammps不带这些工具。 有一些现有的开源ReaxFF后处理工具可供参考: Chemical Trajectory Analyzer：https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/ PS: ADF倒是自带一些后处理工具，不过ADF太贵。 PPS: 国内的中科院过程所“好像”搞了一套GPU加速的ReaxFF code和后处理工具VARxMD，但似乎只是他们私用的  ，只见过文章没见过公开的code。 |
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sobereva 发表于 2019-6-2 16:02 谢谢老师。是的，涉及的原子较多，LAMMPS计算后可以分析整个体系各个产物化学式和含量吗 |
AJ86 发表于 2019-6-2 15:37 如果牵扯到动力学，而且原子数很多，这类问题通常只能用reaxFF，量化程序算不动。Lammps是首选 |
sobereva 发表于 2019-6-2 15:34 恩，谢谢sob老师回答 |
sobereva 发表于 2019-6-2 15:30 实在抱歉sob老师，因为对软件的原理不懂，我想研究的问题是混合气体在温度变化下的反应产物，看到有人用过ReaxFF计算过，才提出反应力场的，请问您用哪种软件会比较合适呀 |
AJ86 发表于 2019-6-2 14:43 上手不快 搞清楚什么叫程序、脚本和输入文件 问这种问题时候把具体要算的问题描述充分，只有描述得越充分，才越有可能得到有效的回复 |
AJ86 发表于 2019-6-2 13:12 问这种问题的时候先明确说明到底自己想研究什么，你一开始提反应力场，但是根据你当前的表述，又显得不是非得用反应力场不可，令人非常混乱。lammps和ORCA的应用领域差十万八千里。 如果量化计算范畴就可以解决的，Gaussian是最好用的，没有之一，见 谈谈学量子化学如何正确地入门 http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html） 如果你不想为了买Gaussian而花钱，那首选就是ORCA，但远没有Gaussian对零基础新人那么友好。 如果是量化程序算不动的大体系，或者动力学过程，不得不用反应力场这种粗糙方式来描述反应，那首选就是lammps，免费，而且对于reaxFF而言是最主流的实现程序。但上手没那么容易。 至于M$完全没有考虑的必要，贼老贵，程序本身完全不值那钱 |
get-it 发表于 2019-6-2 14:00 您好，请问LAMMPS上手快吗，需要手写程序吗？我想计算的是气体体系在温度变化时的反应产物，不知道LAMMPS可行吗（计算小白还请您回答一下  ，感谢） |
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我用过独立的gulp做反应力场计算，当然是可以用的，不过因为gulp的力场格式和Reaxff的格式不同，转换起来麻烦，后来就直接用lammps了。 reaxff的参数有很多套，对于新的体系要多测试几种。 |
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ShuangfeiZhu 发表于 2019-6-1 17:55 感谢回复。因为不是主要研究量化计算，想用操作比较简便的软件，请问您LAMMPS、ORCA等软件上手快吗，需要手写程序吗？ |
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