求助，任务运行到4μs出现lincs warning（已）

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发布时间: 2019-6-14 10:26

本帖最后由路过的一只于 2019-6-14 14:49 编辑我试着续跑也可以继续…可这个问题的原因和影响还不是很清楚，求教各位……

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青青青 发表于 Post on 2019-6-23 00:40:39

sobereva 发表于 2019-6-21 22:49
诸如step439425c是崩溃前自动导出的pdb，你可以根据其判断是否是因为结构出现了严重不合理最终导致崩溃

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2019-6-21 22:49:30

青青青发表于 2019-6-21 11:53
好的，谢谢老师。
老师，请问生成的dd_dump_err_0_n1.pdb是用来检查体系的错误吗，还有类似的step439425 ...

诸如step439425c是崩溃前自动导出的pdb，你可以根据其判断是否是因为结构出现了严重不合理最终导致崩溃

青青青 发表于 Post on 2019-6-21 11:53:35

sobereva 发表于 2019-6-21 11:46
用1fs步长跑一阵子，等稳定了再换成2fs
1fs都不行的话8成拓扑文件或者mdp有硬伤

好的，谢谢老师。
老师，请问生成的dd_dump_err_0_n1.pdb是用来检查体系的错误吗，还有类似的step439425c_n4.pdb。

sobereva 发表于 Post on 2019-6-21 11:46:52

青青青发表于 2019-6-21 11:41
楼主，我也出现了这个错误，但是我的出现这个提示后，模拟就停，如下，请问你怎么继续运行的呢？谢谢。
我 ...

用1fs步长跑一阵子，等稳定了再换成2fs
1fs都不行的话8成拓扑文件或者mdp有硬伤

青青青 发表于 Post on 2019-6-21 11:41:31

本帖最后由青青青于 2019-6-21 11:50 编辑

楼主，我也出现了这个错误，但是我的出现这个提示后，模拟就停，如下，请问你怎么继续运行的呢？感谢。
我的步长也是2fs。
对于生成的dd_dump_err_0_n1.pdb，请问是什么呢？

b3e145bfd1d439ee0d6e3903c4df75f.png (86.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

路过的一只 发表于 Post on 2019-6-14 14:48:36

sobereva 发表于 2019-6-14 13:19
动力学不稳定。小步长往往可解决。如果跑下去后来没有异常，轨迹也没问题，无视也可以

好的~谢谢sob老师！！

sobereva 发表于 Post on 2019-6-14 13:19:14

动力学不稳定。小步长往往可解决。如果跑下去后来没有异常，轨迹也没问题，无视也可以

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