计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用

查看数: 48669 | 评论数: 21 | 收藏 Add to favorites 43
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2015-6-27 19:17

正文摘要:

谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用On the symmetry in Gaussian program and the use of nosymm keyword 文/Sobereva @北京科音First release: 2015-Jun-27   Last update: 2021-Nov-21 ...

回复 Reply

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-2-22 15:29:18
刚注意到一个细节,即使启用geom=check或geom=allcheck从.chk文件里读取坐标,输入朝向也未必与标准朝向一致,该用nosymm的场合就用nosymm。在没开nosymm时,如果geom=allcheck同时还用了guess=read,进入L401从.chk文件读取初猜后会有Guess basis will be translated and rotated to current coordinates这么一句。
JCenter 发表于 Post on 2024-11-8 22:41:44
sobereva 发表于 2024-11-8 21:50
没直接影响

可以

感谢老师
sobereva 发表于 Post on 2024-11-8 21:50:44
JCenter 发表于 2024-11-5 11:25
老师,我在计算电子密度差时,使用了b3lyp-d3(bj)/def2TZVP结合iefpcm模型代表水环境的计算级别得到波函数 ...

没直接影响

可以
JCenter 发表于 Post on 2024-11-5 11:25:38
老师,我在计算电子密度差时,使用了b3lyp-d3(bj)/def2TZVP结合iefpcm模型代表水环境的计算级别得到波函数信息,而且使用了nosymm。想问下,nosymm会影响体系的电子密度分布吗,想直接使用已有的波函数文件基于Multiwfn接着计算ADCH原子电荷,不知是否可以呢。
gauss98 发表于 Post on 2022-12-21 12:32:59
beefly 发表于 2015-7-2 02:05
用nosymm做频率计算还会导致一个危险,就是热化学量(熵、自由能)是错误的,因为它们依赖转动熵,而转动熵 ...

“用nosymm做频率计算还会导致一个危险,就是热化学量(熵、自由能)是错误的,”
这个对较复杂在C1对称性结构也是这样的吗?
我最近发现用不用 nosymm 对自由能计算有差异(C1对称性结构)
这么说来应该是不用nosymm的结果更可信?
sobereva 发表于 Post on 2022-4-29 07:57:18
ionexchangeC 发表于 2022-4-29 00:40
这里想补充一点:对于G16,如果想在结构优化过程中保持对称性不降低,还有一种方法是利用广义内坐标GIC。大 ...

用GIC实现往往遇到的一个实际问题是优化中途容易莫名其妙出错,和约束具体定义方式很有关系
ionexchangeC 发表于 Post on 2022-4-29 00:40:21
这里想补充一点:对于G16,如果想在结构优化过程中保持对称性不降低,还有一种方法是利用广义内坐标GIC。大致的方法是,分析Gaussian结构优化开始时建立的冗余内坐标,指出在欲保持的点群下哪些变量是相等的,哪些是相加等于180度或者360度的,然后设置一些冻结的广义内坐标,保证这些数学关系的成立。
如:令B(1,2)和B(1,4)两个键长变量相等,可设置F1(freeze)=B(1,2)-B(1,4),并使他们在输入文件中就相等,优化时因为差值固定所以保持相等。
令A(1,2,3)、A(3,2,4)和A(4,2,1)相加等于360度,可设置F2(freeze)=A(1,2,3)+A(3,2,4)+A(4,2,1),并在输入文件中保证三键角相加等于360度。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
shenghan0303 + 1 谢谢

查看全部评分 View all ratings

GoldenBaby 发表于 Post on 2019-10-3 14:51:16
sobereva 发表于 2019-10-3 04:18
和nosymm没有直接关系。单纯地想让限制性闭壳层下的PBE0/SDD_6-311+G*的SCF收敛,g16依次运行以下两个文 ...

感谢sob老师的回复,学习了
sobereva 发表于 Post on 2019-10-3 04:18:39
GoldenBaby 发表于 2019-10-1 14:37
讲一个比较特殊的例子,有些及其特殊的情况,利用对称性容易导致scf不收敛,这种情况下使用nosymm可以得到 ...

和nosymm没有直接关系。单纯地想让限制性闭壳层下的PBE0/SDD_6-311+G*的SCF收敛,g16依次运行以下两个文件就能实现,没利用我强烈不主张优先考虑的scf=qc,也没有利用nosymm

1.gjf (927 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 69)

2.gjf (165 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 66)

但如第二个任务对波函数稳定性的测试,当前存在波函数不稳定性

如果把第二个任务加上stable=opt,会自动给出稳定的自旋极化单重态波函数
2_stable_opt.out (256.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

有的人表面上看加了nosymm就收敛了,就以为nosymm对帮助SCF收敛有益、应当作为解决SCF不收敛应当要考虑的常规做法中,这是严重的误解。

GoldenBaby 发表于 Post on 2019-10-3 00:35:02
zjxitcc 发表于 2019-10-2 14:32
看了你的文件,有些建议,不过与本帖主题nosymm无关。你这个计算虽然收敛了,但是RHF能量并非最低,且所 ...

感谢大神分享,学习了
zjxitcc 发表于 Post on 2019-10-2 14:32:59
本帖最后由 zjxitcc 于 2019-10-2 14:40 编辑
GoldenBaby 发表于 2019-10-1 14:37
讲一个比较特殊的例子,有些及其特殊的情况,利用对称性容易导致scf不收敛,这种情况下使用nosymm可以得到 ...

看了你的文件,有些建议,不过与本帖主题nosymm无关。你这个计算虽然收敛了,但是RHF能量并非最低,且所有的RHF波函数都有RHF -> UHF不稳定性。铁钴镍这些过渡金属基本上都要用UDFT来描述的。特别是你算的这个还是低自旋(对[Fe(CN)6]4-而言,低自旋能量是比较高的,具有明显多组态特征)。在你这个坐标、方法和基组下有几个SCF解:
method    Elec E              <S**2>        stability
RPBE0     -680.082798    0                 RHF->UHF instability
RPBE0     -680.091368    0                 RHF->UHF instability
UPBE0     -680.091884    0                 internal instability
UPBE0     -680.091893    0.8394        internal instability
UPBE0     -680.146410    1.0157        stable
UPBE0     -680.147835    1.0284        stable

如果是研究[Fe(CN)6]4-不同自旋态下的能量差,高自旋你用UDFT算,低自旋用RDFT算显然不合适,这比较不公平;一旦低自旋也用UDFT,那么UDFT同样有多个SCF解,通常你只能取能量最低的解。

比较严谨的方式是在基态(一般是高自旋)下就用CASSCF算,然后其他自旋用CASSCF的不同自旋多重度的root来考虑,这样每个自旋多重度都可以考虑到多组态特征。如果不想做/不会做/算不动CASSCF的话,就用UDFT也凑合,就是要注意SCF解有好几个。

PS:这个例子从一定程度上说明了scf=qc虽然收敛性好,但是由于其二阶性质容易收敛到最近的local minimum上,并不一定是全局极小。

附上我的计算文件 链接: https://pan.baidu.com/s/1jIYEOLaUHX4U3Yfj6Lql6A 提取码: 746q

GoldenBaby 发表于 Post on 2019-10-1 14:37:07
讲一个比较特殊的例子,有些及其特殊的情况,利用对称性容易导致scf不收敛,这种情况下使用nosymm可以得到解决(PS:因为最近在做一个类似结构的优化的时候发现在该计算级别下,在sob老师在博文里提到的帮助scf收敛的方法,无论用哪种方法都无法收敛,但是事实上在更低的计算级别下可以收敛的,遂尝试使用nosymm关键词,发现可以收敛并最终完成优化,因此讲这个例子分享给大家,同时如果各位有什么更好的意见或建议欢迎批评指正。)

4.rar

12.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 41

神龍 发表于 Post on 2015-7-26 21:15:45
感谢sob老师!

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 11:10 , Processed in 0.694221 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list