xishaofan 发表于 2024-11-20 14:36
sob老师，我已经用sobtop生成基于gaff力场的小分子top文件。我的体系还需要NA+和水的itp文件，我可以直接 ...

可以
通用

sobereva 发表于 2020-2-26 20:22
不是非得include amber力场
给你看个例子，多个离子的水溶液，离子都是acpype搞的，电荷都是Multiwfn算 ...

sob老师，我已经用sobtop生成基于gaff力场的小分子top文件。我的体系还需要NA+和水的itp文件，我可以直接使用amber99sb下的水和离子参数吗？请问是与gaff通用的吗。

#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/spce.itp"

[ system ]
MOL

[ molecules ]
NA+ 20
SOL 791

sobereva 发表于 2023-11-21 01:46
除了GAFF都拼错了

既不应当用CHARMM也不应当用AMBER，那都是主要给生物分子用的，就应当用GAFF之类给 ...

谢谢社长回复，已经改正过来了

七尺贱 发表于 2023-11-20 15:39
我想请问一下有一篇文章计算的乙二醛这种有机小分子在气液界面的运动，乙二醛用的力场是charm22，我在gro ...

除了GAFF都拼错了

既不应当用CHARMM也不应当用AMBER，那都是主要给生物分子用的，就应当用GAFF之类给小分子专门设计的力场

sobereva 发表于 2021-6-15 18:41
不会冲突
AMBER的原子类型是大写，GAFF的是小写，而且有多个[atomtypes]、等字段的时候会取并集

我想请问一下有一篇文章计算的乙二醛这种有机小分子在气液界面的运动，乙二醛用的力场是CHARMM，我在gromacs可以换成AMBER或者GAFF吗

让你变成回忆 发表于 2019-6-17 15:43
当然，参数都已经齐全了还要include干啥。

如果我要在GAFF力场中include spce.itp，其中是需要指明其所属力场的？但是在top文件夹中找不到以gaff命名的力场文件怎么办

谢谢社长

哪有这么脆弱 发表于 2021-6-9 23:36
社长请问用acpype生成的GAFF力场的文件中，错误的还是include了amber力场下的forcefield.itp，那进行模拟 ...

不会冲突
AMBER的原子类型是大写，GAFF的是小写，而且有多个[atomtypes]、[bondtypes]等字段的时候会取并集

sobereva 发表于 2020-2-26 20:22
不是非得include amber力场
给你看个例子，多个离子的水溶液，离子都是acpype搞的，电荷都是Multiwfn算 ...

社长请问用acpype生成的GAFF力场的文件中，错误的还是include了amber力场下的forcefield.itp，那进行模拟的时候，会给分子使用amber力场下的参数，覆盖GAFF力场下的参数嘛，谢谢社长

a617788816 发表于 2020-2-27 12:01
好的，谢谢sob老师，氢键和静电，既不是包含关系，也不是并列关系，所以应当单独拿出来讨论，而不是可对 ...

文中说了，静电作用是普通氢键的主要构成。还不懂就再反复仔细看文章

MK电荷不能。做EDA-FF毫无必要用等价性约束。等价性约束的目的是确保动力学行为正确。
文中说了，原子类型问题自行查看gaff.dat里的定义便知

sobereva 发表于 2020-2-26 20:22
不是非得include amber力场
给你看个例子，多个离子的水溶液，离子都是acpype搞的，电荷都是Multiwfn算 ...

好的，谢谢sob老师，氢键和静电，既不是包含关系，也不是并列关系，所以应当单独拿出来讨论，而不是可对比的讨论是吗？那如果静电主导体系（非氢键）和静电主导体系（氢键），这种可对比吗？怎么对比？
另外使用Multiwfn做基于分子力场的能量分析时，计算MK电荷，能否设置等价约束？我看RESP的教程是可以的，MK电荷可以这样设置吗?因为我计算出来的MK电荷氢原子不等价，相同mol2文件我从acpype输出出来的氢原子是hx类型，在out文件Gaussian的面板则显示hp类型，我翻查力场的原子.atp文件，也没找到对hx的定义，只有对hp的定义。hx和hp是一样的类型吗.？

a617788816 发表于 2020-2-26 20:14
您好，sob老师，我的体系包含三个离子，想要计算静电力，范德华力，氢键力等弱相互作用，以下是我的模拟 ...

不是非得include amber力场
给你看个例子，多个离子的水溶液，离子都是acpype搞的，电荷都是Multiwfn算的RESP电荷

1. #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
   
2. 
   
3. [ atomtypes ]
   
4. ;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
   
5. hn       hn          0.00000  0.00000   A     1.06908e-01   6.56888e-02 ; 0.60  0.0157
   
6. n4       n4          0.00000  0.00000   A     3.25000e-01   7.11280e-01 ; 1.82  0.1700
   
7. no       no          0.00000  0.00000   A     3.25000e-01   7.11280e-01 ; 1.82  0.1700
   
8. o        o           0.00000  0.00000   A     2.95992e-01   8.78640e-01 ; 1.66  0.2100
   
9. s6       s6          0.00000  0.00000   A     3.56359e-01   1.04600e+00 ; 2.00  0.2500
   
10. 
    
11. #include "SO42-.itp"
    
12. #include "NO3-.itp"
    
13. #include "NH4+.itp"
    
14. #include "amber99sb-ildn.ff/spce.itp"
    
15. 
    
16. [ system ]
    
17. electrolyte
    
18. 
    
19. [ molecules ]
    
20. NH4+ 20
    
21. NO3- 10
    
22. SO42- 5
    
23. SOL 791
    

复制代码

显然只要把需要的原子类型都合并写到top的atomtypes字段里就行了。

如果离子不是很大，也没必要非得先做构象搜索。如果是柔性比较大才有必要。

氢键和静电不是并列的关系，前者是表象，后者是本质之一，仔细看下文里的相关信息了解这点
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

Multiwfn里的基于力场的能量分解是对于单帧计算的。对于每一帧，只要Multiwfn用的力场参数和原子电荷与gmx模拟时相同，结果和gmx也是一致的。另外Multiwfn的好处是可以把色散和交换互斥分别给你，而gmx给出能量组之间相互作用的时候是把二者合并为LJ作用一起给出的。另外Multiwfn划分片段方便，可以给出各个原子和原子对的贡献，便于拆分考察，而且还可以结合VMD作图直观考察。

sobereva 发表于 2020-2-10 07:04
完全看不明白你的表述
AMBER显然尽量用最新版，GAFF和较新的所有AMBER版本都兼容。

您好，sob老师，我的体系包含三个离子，想要计算静电力，范德华力，氢键力等弱相互作用，以下是我的模拟步骤，麻烦老师帮我看看是否有问题，以及一些模拟过程中的问题
1.分别以三个离子以acpype生成top后Gromacs高温模拟，取1000帧molclus多步优化得到最低构象。
2.分别以三个离子最低构象重新以acpype生成top，使用multiwfn计算RESP电荷代入其中，（因为我是分别单独生成的top，用的GAFF,那我重新写一个总的拓扑文件，是不是要include amber力场），然后模拟.(如何从Gromcas的输出文件中得到以上静电力和范德华力呢)。您提到通过氢键的键临界点处的电子密度可以估计氢键强度，这个算出来的氢键力，和模拟出来的静电力和范德华力，是否具备可比性呢，或者说氢键力/静电力的比值是否能代表氢键占静电的占比呢？
3.Multiwfn中也有基于分子力场的能量分解，和Gromacs中模拟的计算有何不同呢？

a617788816 发表于 2020-2-9 17:36
sob老师，正如你所说的，我的模拟体系不只包括当前acpype处理的离子，还包含其他离子，这个top文件怎么使 ...

完全看不明白你的表述
AMBER显然尽量用最新版，GAFF和较新的所有AMBER版本都兼容。