如何对pdb文件原子进行替换

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发布时间: 2019-6-17 20:43

公社的各位大神们，我现在正在做一个核酸的分子模拟，现在我们对核酸进行了修饰，将DNA的五碳糖环上的一个氢取代成了一个甲氧基来增加他的稳定性，那么如何在pdb文件中将对应的氢原子也替换成甲氧基呢？求解答

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justin1140 发表于 Post on 2019-8-24 09:47:37

感觉模拟很难用gaussview更改后的pdb文件输入到amber力场识别不出来还要自己修改立场头大

sobereva 发表于 Post on 2019-8-17 15:48:05

justin1140 发表于 2019-6-17 20:55
还有，有没有其他软件可以啊，比如vmd这些

VMD的结构编辑功能极弱
其它也有能编辑结构的，诸如avogadro、Chem3D、gabedit之类，但都没GaussView好用

dgdrtd456 发表于 Post on 2019-8-16 17:17:40

material studio应该也可以的吧

justin1140 发表于 Post on 2019-6-17 20:55:16

还有，有没有其他软件可以啊，比如vmd这些

justin1140 发表于 Post on 2019-6-17 20:49:22

sober大大，这个是不是高斯软件下的一个套件啊

sobereva 发表于 Post on 2019-6-17 20:44:52

gview里进行结构修改，然后保存文件

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