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求助,熔点的分子动力学模拟

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发布时间: 2019-6-18 10:46

正文摘要:

请问老师,用Gromacs模拟扩散系数可以出来这样的图吗 ?

回复 Reply

ssswx 发表于 Post on 2023-7-11 10:55:38
老师,想向您请教下,vasp计算熔点,使用固液共存,进行NPT系综,我看文献最终都会得到明显的固态(原子整齐排列)或液态(原子无规则),但是我导出POSCAR得到的无论温度如何,都是无规则的,想看您是否了解是什么原因,谢谢
xylz6188 发表于 Post on 2022-10-2 22:15:51
你好!我按照你这个图来模拟正十四烷烃的沸点,求不同温度下的扩散系数,得到的扩散系数与温度之间的关系,这怎么确定沸点?

a.png (183.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

a.png
sobereva 发表于 Post on 2021-7-1 06:26:22
HJC 发表于 2021-6-19 20:42
各位老师,请问:
1.模拟熔点是否可以应用在有机小分子上?
2.使用哪个命令可以模拟熔点?

1 问题很奇怪。熔点是对于凝聚相而言的,没法对单个分子说。如果你说分子晶体的熔点那是可以的
2 没有现成的命令。必须各个温度下都进行MD,比较扩散系数
3 你先搞清楚熔点的物理意义是什么
HJC 发表于 Post on 2021-6-19 20:42:50
各位老师,请问:
1.模拟熔点是否可以应用在有机小分子上?
2.使用哪个命令可以模拟熔点?
3.可以计算复合物(即两种有机小分子的dimer)的熔点吗?
谢谢老师!!
sobereva 发表于 Post on 2019-8-6 07:48:58
想发TOP 发表于 2019-8-5 08:15
好的,老师,结合轨迹主要看什么信息能进一步判断熔点呀

肉眼看运动原子运动轨迹、范围等
想发TOP 发表于 Post on 2019-8-5 08:15:48
sobereva 发表于 2019-8-5 01:52
手头没有
但这符合基本逻辑

好的,老师,结合轨迹主要看什么信息能进一步判断熔点呀
sobereva 发表于 Post on 2019-8-5 01:52:26
想发TOP 发表于 2019-8-4 09:56
老师,用扩散系数的突变来判断熔点这种方法有文献支撑吗

手头没有
但这符合基本逻辑
想发TOP 发表于 Post on 2019-8-4 09:56:34
sobereva 发表于 2019-6-21 02:16
之前很小,而之后突然变大,可能说明这个位置就是熔点。结合轨迹进行判断

老师,用扩散系数的突变来判断熔点这种方法有文献支撑吗
模拟小菜鸟 发表于 Post on 2019-6-21 09:12:14
sobereva 发表于 2019-6-21 02:16
之前很小,而之后突然变大,可能说明这个位置就是熔点。结合轨迹进行判断

好的,谢谢老师
sobereva 发表于 Post on 2019-6-21 02:16:59
模拟小菜鸟 发表于 2019-6-20 09:05
老师,请问为什么我跑出来的结果总是有不正常点呢?就是突然会有一个值很大或者很小

之前很小,而之后突然变大,可能说明这个位置就是熔点。结合轨迹进行判断
模拟小菜鸟 发表于 Post on 2019-6-20 09:05:20
sobereva 发表于 2019-6-18 18:25
就是如此。每隔几K跑一次

老师,请问为什么我跑出来的结果总是有不正常点呢?就是突然会有一个值很大或者很小
模拟小菜鸟 发表于 Post on 2019-6-20 09:03:49
k64_cc 发表于 2019-6-19 10:47
你一个温度下最多也就跑个几ns,很快的。

请问每次都是从上一温度开始吗?
k64_cc 发表于 Post on 2019-6-19 10:47:52
模拟小菜鸟 发表于 2019-6-18 18:21
每个温度,那不是要跑几百次啦?

你一个温度下最多也就跑个几ns,很快的。
sobereva 发表于 Post on 2019-6-18 18:25:54
模拟小菜鸟 发表于 2019-6-18 18:21
每个温度,那不是要跑几百次啦?

就是如此。每隔几K跑一次
模拟小菜鸟 发表于 Post on 2019-6-18 18:21:10
k64_cc 发表于 2019-6-18 17:25
是啊,不然嘞……

每个温度,那不是要跑几百次啦?

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